PDB-1orx: Solution Structure of the acyclic permutant des-(24-28)-kalata B1.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1orx

タイトル

Solution Structure of the acyclic permutant des-(24-28)-kalata B1.

要素

kalata B1

キーワード

ANTIBIOTIC / acyclic permutation / cyclotides / kalata B1

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / Kalata-B1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Barry, D.G. / Daly, N.L. / Clark, R.J. / Sando, L. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Linearization of a naturally occurring circular protein maintains structure but eliminates hemolytic activity
著者: Barry, D.G. / Daly, N.L. / Clark, R.J. / Sando, L. / Craik, D.J.

履歴

登録	2003年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1orx.cif.gz	104.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1orx.ent.gz	71.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1orx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1orx_validation.pdf.gz	331 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1orx_full_validation.pdf.gz	420 KB	表示
XML形式データ	1orx_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	1orx_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1orx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/1orx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nb1 1nbj
類似構造データ	6xti-d 2mxg-d 5ug5-d 1cnn-d 1ttk-d 1zpx-d 2mq2-d 5wye-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: kalata B1

2.38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	kalata B1 分子量: 2378.724 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIUDES 1-24 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence is a synthetic acyclic permutant of the cyclic plant protein kalata B1. 参照: UniProt: P56254
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	E-COSY
1	5	2	H-D exchange experiment

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	Unlabelled	90% H2O/10% D2O
2	Unlabelled	99.99% D2O

試料状態

pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 295 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	1
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	2

-
解析

NMR software

名称	分類
XwinNMR	collection
XEASY	データ解析
DYANA	構造決定
CNS	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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