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- PDB-1ord: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PLP-DEPENDENT ORNITHINE DECARBOXY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ord
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PLP-DEPENDENT ORNITHINE DECARBOXYLASE FROM LACTOBACILLUS 30A TO 3.1 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ORNITHINE DECARBOXYLASE
キーワードCARBOXY-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine decarboxylase / ornithine decarboxylase activity / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #220 / Ornithine decarboxylase, N-terminal / Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 4 / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal ...Rossmann fold - #220 / Ornithine decarboxylase, N-terminal / Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 4 / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain superfamily / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / CheY-like superfamily / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Inducible ornithine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus sp. (乳酸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hackert, M.L. / Momany, C. / Ernst, S. / Ghosh, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystallographic structure of a PLP-dependent ornithine decarboxylase from Lactobacillus 30a to 3.0 A resolution.
著者: Momany, C. / Ernst, S. / Ghosh, R. / Chang, N.L. / Hackert, M.L.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1994
タイトル: Sequence of Ornithine Decarboxylase from Lactobacillus Sp. Strain 30A
著者: Hackert, M.L. / Carroll, D.W. / Davidson, L. / Kim, S.-O. / Momany, C. / Vaaler, G.L. / Zhang, L.
履歴
登録1995年2月8日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORNITHINE DECARBOXYLASE
B: ORNITHINE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,7944
ポリマ－165,2992
非ポリマー4942
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13280 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area49210 Å2
手法PISA
2
A: ORNITHINE DECARBOXYLASE
B: ORNITHINE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)994,76124
ポリマ－991,79612
非ポリマー2,96612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area107860 Å2
ΔGint-388 kcal/mol
Surface area267110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.600, 195.600, 97.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 128 / 2: CIS PROLINE - PRO A 661 / 3: CIS PROLINE - PRO A 662 / 4: CIS PROLINE - PRO B 128 / 5: CIS PROLINE - PRO B 661 / 6: CIS PROLINE - PRO B 662
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.797848, 0.602859, 0.000333), (0.602859, -0.797848, 0.000503), (0.000569, -0.000201, -1)
ベクター: -0.025, 0.0521, 97.5712)

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要素

#1: タンパク質 ORNITHINE DECARBOXYLASE


分子量: 82649.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus sp. (乳酸菌) / 株: 30A / 参照: UniProt: P43099, ornithine decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.8 / 手法: dialyzing
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 %(w/v)PEG80001reservoir
250 mMpotassium phosphate1reservoir
3100 mM1reservoirKCl
40.5 mMEDTA1reservoir
50.05 %beta-octylglucoside1reservoir
60.02 %(w/v)1reservoirNaN3
70.2 mMpyridoxal-5'-phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→8 Å / Observed criterion σ(I): 4

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.219 / Rfactor obs: 0.219 / 最高解像度: 3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11672 0 30 107 11809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.898
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.76
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_dihedral_angle_d / Dev ideal: 24.767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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