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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1opb | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURES OF HOLO-AND APO-CELLULAR RETINOL BINDING PROTEIN II | ||||||
要素 | CELLULAR RETINOL BINDING PROTEIN II | ||||||
キーワード | RETINOL TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid metabolism and transport / retinal binding / retinol metabolic process / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / lipid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus rattus (エジプトネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Winter, N. / Banaszak, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystal structures of holo and apo-cellular retinol-binding protein II. 著者: Winter, N.S. / Bratt, J.M. / Banaszak, L.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A TEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A TEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY AN ELEVEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1opb.cif.gz | 119.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1opb.ent.gz | 95 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1opb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1opb_validation.pdf.gz | 494.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1opb_full_validation.pdf.gz | 500.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1opb_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1opb_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/1opb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/1opb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15606.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ) 参照: UniProt: P06768 #2: 化合物 | ChemComp-RET / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 17.5 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 23764 / % possible obs: 75 % / Num. measured all: 57160 / Rmerge(I) obs: 0.0642 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.173 / Rfactor obs: 0.173 / 最高解像度: 1.9 Å 詳細: DATA WAS COLLECTED TO 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION ON SIEMENS AREA DETECTOR. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE COORDINATES OF CELLULAR RETINOL BINDING PROTEIN AS A MODEL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rfactor obs: 0.173 / Num. reflection obs: 52976 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.336 |