PDB-1on9: Transcarboxylase 12S crystal structure: hexamer assembly and subs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1on9

タイトル

Transcarboxylase 12S crystal structure: hexamer assembly and substrate binding to a multienzyme core (with hydrolyzed methylmalonyl-coenzyme a bound)

要素

Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

キーワード

TRANSFERASE / carboxyl transferase / domain duplication / multienzyme complex / transcarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylmalonyl-CoA carboxytransferase / methylmalonyl-CoA carboxytransferase activity / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Propionibacterium freudenreichii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hall, P.R. / Wang, Y.-F. / Rivera-Hainaj, R.E. / Zheng, X. / Pustai-Carey, M. / Carey, P.R. / Yee, V.C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Transcarboxylase 12S crystal structure: hexamer assembly and substrate binding to a multienzyme core
著者: Hall, P.R. / Wang, Y.-F. / Rivera-Hainaj, R.E. / Zheng, X. / Pustai-Carey, M. / Carey, P.R. / Yee, V.C.

履歴

登録	2003年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 600

HETEROGEN MMCoA - only a portion of the CoA entity could be modeled.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1on9.cif.gz	661.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1on9.ent.gz	534.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1on9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1on9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1on9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1on3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1on3-d 1vrg-d 1xny-1 2bzr-d 1xo6-d 3iav-1 3mfm-d 1xnv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

B: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

C: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

D: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

E: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

F: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

ヘテロ分子

344 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

D: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

E: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

F: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

ヘテロ分子

D: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

E: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

F: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.810, 200.020, 145.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-7501- HOH
2	1	A-7525- HOH
3	1	C-7530- HOH
4	1	D-4470- HOH
5	1	F-6248- HOH
6	1	F-6256- HOH

詳細

The biological assembly is a hexamer.

#1: タンパク質	Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit / Transcarboxylase 12S 分子量: 56327.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii (バクテリア) プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q8GBW6, methylmalonyl-CoA carboxytransferase
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-MCA / METHYLMALONYL-COENZYME A / (R)-メチルマロニルCoA 分子量: 867.607 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₉P₃S
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: MPD, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	19-25 %	MPD	1	reservoir
2	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir	pH4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月18日
放射	モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 234797 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.9 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 17439 / R_sym value: 0.202 / % possible all: 69.1
反射	PLUS 最低解像度: 30 Å / R_merge(I) obs*: 0.055
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 69.1 % / R_merge(I) obs*: 0.236

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2→29.55 Å / R_factor R_free error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: maximum likelihood target using amplitudes. WATERS 1-2 HAVE COORDINATION SPHERES REMINISCENT OF CATIONS, BUT COULD NOT BE DEFINITIVELY IDENTIFIED AS IONS BECAUSE THEIR B-FACTORS ARE NOT ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	10242	5 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
all	0.155	213350	-	-
obs	0.152	205243	96.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 48.669 Å² / k_sol: 0.337893 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.3 Å²	0 Å²	1 Å²
2-	-	1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.23 Å	0.17 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.18 Å	0.12 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23308	0	171	3390	26869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.92
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.34	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.79	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.54	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.71	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.13 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	1678	4.9 %
R_work	0.161	32677	-
obs	-	34355	96.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	ION.PARAM	LIG.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	4	MCA.PAR

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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