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- PDB-1on3: Transcarboxylase 12S crystal structure: hexamer assembly and subs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1on3
タイトルTranscarboxylase 12S crystal structure: hexamer assembly and substrate binding to a multienzyme core (with methylmalonyl-coenzyme a and methylmalonic acid bound)
要素Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
キーワードTRANSFERASE / carboxyl transferase / domain duplication / multienzyme complex / transcarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonyl-CoA carboxytransferase / methylmalonyl-CoA carboxytransferase activity / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / METHYLMALONIC ACID / METHYLMALONYL-COENZYME A / Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Propionibacterium freudenreichii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hall, P.R. / Wang, Y.-F. / Rivera-Hainaj, R.E. / Zheng, X. / Pustai-Carey, M. / Carey, P.R. / Yee, V.C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Transcarboxylase 12S crystal structure: hexamer assembly and substrate binding to a multienzyme core
著者: Hall, P.R. / Wang, Y.-F. / Rivera-Hainaj, R.E. / Zheng, X. / Pustai-Carey, M. / Carey, P.R. / Yee, V.C.
履歴
登録2003年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
B: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
C: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
D: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
E: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
F: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,57124
ポリマ－337,9656
非ポリマー6,60618
水60,5843363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53420 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area93330 Å2
手法PISA
2
A: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
B: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
C: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
D: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
E: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
F: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
ヘテロ分子

A: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
B: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
C: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
D: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
E: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
F: Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)689,14248
ポリマ－675,93012
非ポリマー13,21236
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area109540 Å2
ΔGint-722 kcal/mol
Surface area183960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.805, 200.708, 146.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-7426-

HOH

21C-7517-

HOH

31D-5269-

HOH

41F-6281-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 12S subunit / Transcarboxylase 12S


分子量: 56327.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii (バクテリア)
プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q8GBW6, methylmalonyl-CoA carboxytransferase

-
非ポリマー , 5種, 3381分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-MCA / METHYLMALONYL-COENZYME A / (R)-メチルマロニルCoA


分子量: 867.607 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O19P3S
#4: 化合物
ChemComp-DXX / METHYLMALONIC ACID / メチルマロン酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: MPD, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
119-25 %MPD1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月25日 / 詳細: Monochromator, mirrors
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 663843 / Num. obs: 240569 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 3.59
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 24491 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.268

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: maximum likelihood target using amplitudes. WATERS 1-6 HAVE COORDINATION SPHERES REMINISCENT OF CATIONS, BUT COULD NOT BE DEFINITIVELY IDENTIFIED AS IONS BECAUSE THEIR B-FACTORS, ALTHOUGH ...詳細: maximum likelihood target using amplitudes. WATERS 1-6 HAVE COORDINATION SPHERES REMINISCENT OF CATIONS, BUT COULD NOT BE DEFINITIVELY IDENTIFIED AS IONS BECAUSE THEIR B-FACTORS, ALTHOUGH LOWER THAN THE SURROUNDING ATOMS, ARE NOT UNREASONABLY LOW, AND THERE WERE NO CORRESPONDING PEAKS IN THE ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 10568 4.6 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.17 252941 --
obs0.168 228317 90.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.8356 Å2 / ksol: 0.330544 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å20 Å22 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3---2.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23482 0 375 3387 27244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.452.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1327 3.7 %
Rwork0.221 34654 -
obs-35981 85.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMLIG.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4MCA.PAR
X-RAY DIFFRACTION5MPD.PAR
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0079
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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