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万見
- PDB-1okb: crystal structure of Uracil-DNA glycosylase from Atlantic cod (Ga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1okb
タイトルcrystal structure of Uracil-DNA glycosylase from Atlantic cod (Gadus morhua)
要素URACIL-DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE / URACIL-DNA GLYCOSYLASE / COLD-ADAPTATION / BASE EXCISION REPAIR / STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIP
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種GADUS MORHUA (タイセイヨウマダラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leiros, I. / Moe, E. / Lanes, O. / Smalas, A.O. / Willassen, N.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Uracil-DNA Glycosylase from Atlantic Cod (Gadus Morhua) Reveals Cold-Adaptation Features
著者: Leiros, I. / Moe, E. / Lanes, O. / Smalas, A.O. / Willassen, N.P.
履歴
登録2003年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8316
ポリマ－50,5762
非ポリマー2554
水6,179343
1
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4153
ポリマ－25,2881
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4153
ポリマ－25,2881
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.580, 67.189, 68.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.49805, 5.0E-5, 0.86715), (-0.00015, -1, -2.0E-5), (0.86715, -0.00014, 0.49805)
ベクター: 17.1628, 29.41696, 29.79831)

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要素

#1: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE


分子量: 25287.910 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 79-301 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GADUS MORHUA (タイセイヨウマダラ)
器官: LIVER / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I983, uridine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES PRO 82 MET, ALA 83 GLU, GLY 84 PHE
配列の詳細THE THREE N-TERMINAL RESIDUES M82, E83, F84 ARE ENCODED BY THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 1.4M SODIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.873
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→12 Å / Num. obs: 42162 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 19.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AKZ

1akz


解像度: 1.9→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 2112 4.9 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
obs0.1861 42162 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.4043 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.623 Å20 Å22.017 Å2
2---3.129 Å20 Å2
3---1.506 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 0 14 343 3931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.189
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.207
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.832
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1842.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.0207 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 182 4.26 %
Rwork0.2586 3955 -
obs--96.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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