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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ojh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NblA from PCC 7120 | ||||||
要素 | NBLA | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / DEGRADATION PROTEIN / PHYCOBILISOME DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA superfamily / Phycobilisome degradation protein nblA / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / NblA protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ANABAENA SP. PCC 7120 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Bienert, R. / Baier, K. / Lockau, W. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of Nbla from Anabaena Sp. Pcc 7120, a Small Protein Playing a Key Role in Phycobilisome Degradation. 著者: Bienert, R. / Baier, K. / Volkmer, R. / Lockau, W. / Heinemann, U. #1: ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 2001 タイトル: Expression of Two Nbla-Homologous Genes is Required for Phycobilisome Degradation in Nitrogen-Starved Synechocystis Sp. Pcc6803 著者: Baier, K. / Nicklisch, S. / Grundner, C. / Reinecke, J. / Lockau, W. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: A Small Polypeptide Triggers Complete Degradation of Light-Harvesting Phycobiliproteins in Nutrient-Deprived Cyanobacteria 著者: Collier, J.L. / Grossmann, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ojh.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ojh.ent.gz | 123.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ojh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ojh_validation.pdf.gz | 529.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ojh_full_validation.pdf.gz | 536.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ojh_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ojh_validation.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/1ojh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/1ojh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7690.148 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ANABAENA SP. PCC 7120 (バクテリア) プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8YNP7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 100 MM TRIS/HCL PH 8.5 10% PEG2000, 100 MM MGCL2, 15% ETHYLENGLYCOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311) 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 74292 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.531 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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