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万見
- PDB-1oj6: Human brain neuroglobin three-dimensional structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oj6
タイトルHuman brain neuroglobin three-dimensional structure
要素Neuroglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / NEUROGLOBIN / HEME HEXACOORDINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / mitochondrial matrix ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pesce, A. / Dewilde, S. / Nardini, M. / Moens, L. / Ascenzi, P. / Hankeln, T. / Burmester, T. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Human Brain Neuroglobin Structure Reveals a Distinct Mode of Controlling Oxygen Affinity
著者: Pesce, A. / Dewilde, S. / Nardini, M. / Moens, L. / Ascenzi, P. / Hankeln, T. / Burmester, T. / Bolognesi, M.
履歴
登録2003年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年12月12日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref
Item: _entity.pdbx_description / _entity.src_method ..._entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
B: Neuroglobin
C: Neuroglobin
D: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,63115
ポリマ－67,4934
非ポリマー3,13811
水2,882160
1
A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4902
ポリマ－16,8731
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8746
ポリマ－16,8731
非ポリマー1,0015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7785
ポリマ－16,8731
非ポリマー9054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4902
ポリマ－16,8731
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.598, 94.927, 67.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Neuroglobin


分子量: 16873.150 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9NPG2
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: INVOLVED IN OXYGEN TRANSPORT IN THE BRAIN. ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A, B, C, D, CYS ...FUNCTION: INVOLVED IN OXYGEN TRANSPORT IN THE BRAIN. ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A, B, C, D, CYS 46 TO GLY 46 ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A, B, C, D, CYS 55 TO SER 55 ENGINEERED MUTATION IN CHAINS A, B, C, D, CYS 120 TO SER 120

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.4 M AMMONIUM SULPHATE, 3% ISOPROPANOL, 0.05 M SODIUM CITRATE, PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
133 mg/mlprotein1drop
21.4 Mammonium sulfate1reservoir
33 %(v/v)isopropanol1reservoir
40.05 Msodium citrate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.738, 1.740, 0.933
検出器日付: 2002年3月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7381
21.741
30.9331
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 35871 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 2.6 % / Num. measured all: 92865 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→40 Å / SU B: 4.111 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: SOME ATOMS IN THIS ENTRY HAVE OCCUPANCY OF 0.00
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3604 10 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 35871 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4584 0 207 160 4951
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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