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- PDB-1odt: cephalosporin C deacetylase mutated, in complex with acetate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1odt
タイトルcephalosporin C deacetylase mutated, in complex with acetate
要素CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / ACETYLXYLAN / CARBOHYDRATE ESTERASE / CEPHALOSPORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cephalosporin-C deacetylase / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cephalosporin-C deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vincent, F. / Charnock, S.J. / Verschueren, K.H.G. / Turkenburg, J.P. / Scott, D.J. / Offen, W.A. / Roberts, S. / Pell, G. / Gilbert, H.J. / Brannigan, J.A. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Multifunctional Xylooligosaccharide/Cephalosporin C Deacetylase Revealed by the Hexameric Structure of the Bacillus Subtilis Enzyme at 1.9A Resolution
著者: Vincent, F. / Charnock, S.J. / Verschueren, K.H.G. / Turkenburg, J.P. / Scott, D.J. / Offen, W.A. / Roberts, S. / Pell, G. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. / Brannigan, J.A.
履歴
登録2003年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
H: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7834
ポリマ－71,6652
非ポリマー1182
水10,142563
1
C: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
H: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子

C: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
H: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子

C: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
H: CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,34912
ポリマ－214,9956
非ポリマー3546
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.167, 157.170, 132.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2053-

HOH

21H-2011-

HOH

31H-2061-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.991, 0.133), (0.133, -0.991, 0.003), (0.001, -0.003, -1)
ベクター: -11.98389, 180.54744, 110.41402)

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要素

#1: タンパク質 CEPHALOSPORIN C DEACETYLASE / MULTI-FUNCTIONAL ESTERASE / CAH


分子量: 35832.480 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH ACETATE / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PET26B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P94388, cephalosporin-C deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION IN CHAIN C, SER 181 TO ALA 181 ENGINEERED MUTATION IN CHAIN H, SER 181 TO ALA 181

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M MOPS PH 6.5 0.2 M NA ACETATE 30% MPD , 0.1M MGCL2,
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 %(v/v)MPD1reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoirpH7.5
30.2 M1reservoirCaCl2
410 mMdithiothreitol1reservoir
50.2 Msodium acetate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→95 Å / Num. obs: 63610 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル最高解像度: 1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 22 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.74 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ODS

1ods


解像度: 1.7→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.004 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 3376 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.158 63610 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3---1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5054 0 8 563 5625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0215211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.9547074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.075310775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8695632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.25575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22835
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.330.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7831.53164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35225096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41332047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7934.51978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.284 241
Rwork0.224 4548
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3932-0.0330.08870.6111-0.09520.3823-0.00360.0493-0.0175-0.0398-0.0017-0.03730.01790.03770.00540.08920.00580.0150.115-0.00770.007226.33777.98543.412
20.4109-0.0219-0.05220.6824-0.10840.3956-0.0033-0.02360.02270.0347-0.0118-0.0481-0.03680.04920.0150.0837-0.0108-0.01220.0979-0.00730.015424.49106.89666.769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 317
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.69 Å / 最低解像度: 22 Å / Rfactor Rwork: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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