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- PDB-1ocu: Crystal structure of the yeast PX-domain protein Grd19p (sorting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ocu
タイトルCrystal structure of the yeast PX-domain protein Grd19p (sorting nexin 3) complexed to phosphatidylinosytol-3-phosphate.
要素SORTING NEXIN
キーワードSORTING PROTEIN / YEAST PROTEIN / SORTING NEXIN / COMPLEX WITH PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT ligand biogenesis and trafficking / protein-lipid complex / late endosome to Golgi transport / retromer complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / fungal-type vacuole membrane / Ub-specific processing proteases / protein localization / protein transport ...WNT ligand biogenesis and trafficking / protein-lipid complex / late endosome to Golgi transport / retromer complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / fungal-type vacuole membrane / Ub-specific processing proteases / protein localization / protein transport / early endosome membrane / endosome / Golgi membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fungal SNX3, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIB / Sorting nexin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhou, C.Z. / Li de La Sierra-Gallay, I. / Cheruel, S. / Collinet, B. / Minard, P. / Blondeau, K. / Henkes, G. / Aufrere, R. / Leulliot, N. / Graille, M. ...Zhou, C.Z. / Li de La Sierra-Gallay, I. / Cheruel, S. / Collinet, B. / Minard, P. / Blondeau, K. / Henkes, G. / Aufrere, R. / Leulliot, N. / Graille, M. / Sorel, I. / Savarin, P. / de la Torre, F. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the yeast Phox homology (PX) domain protein Grd19p complexed to phosphatidylinositol-3-phosphate.
著者: Zhou, C.Z. / Li de La Sierra-Gallay, I. / Quevillon-Cheruel, S. / Collinet, B. / Minard, P. / Blondeau, K. / Henckes, G. / Aufrere, R. / Leulliot, N. / Graille, M. / Sorel, I. / Savarin, P. / ...著者: Zhou, C.Z. / Li de La Sierra-Gallay, I. / Quevillon-Cheruel, S. / Collinet, B. / Minard, P. / Blondeau, K. / Henckes, G. / Aufrere, R. / Leulliot, N. / Graille, M. / Sorel, I. / Savarin, P. / de la Torre, F. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2003年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen / struct
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SORTING NEXIN
B: SORTING NEXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8624
ポリマ－37,7542
非ポリマー1,1092
水1,40578
1
A: SORTING NEXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4312
ポリマ－18,8771
非ポリマー5541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SORTING NEXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4312
ポリマ－18,8771
非ポリマー5541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)31.430, 55.760, 64.750
Angle α, β, γ (deg.)110.75, 97.35, 99.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 SORTING NEXIN


分子量: 18876.814 Da / 分子数: 2 / 断片: PX-DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHEMICALLY MODIFIED CYSTEINE. D-MYO-PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-PHOSPHATE
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C / 解説: CLONED GENE / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08826
#2: 化合物 ChemComp-PIB / 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE / D-MYO-PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-PHOSPHATED (+)-SN-1,2-DI-O-BUTANOYLGLYCERYL,3-O-PHOSPHO


分子量: 554.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O16P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 10% PEG8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M NA-HEPES PH 7,5
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17 mg/mlprotein1drop
22 mMdiC4PtdIns(3)P1drop
30.1 M1dropNaCl
410 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
520 mMTris-HCl1reservoirpH7
610 %PEG80001reservoir
78 %ethlene glycol1reservoir
80.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.984
検出器日付: 2002年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→25 Å / Num. obs: 17289 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2.28→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 77.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.28 Å / 最低解像度: 25.08 Å / Num. all: 65105 / Num. obs: 11970 / % possible obs: 95.97 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.31 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OCS

1ocs


解像度: 2.3→20 Å / Data cutoff high absF: 1000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 1 A TO 27 A AND 162 A, 1B TO 30 B ARE ABSENT FROM THE FINAL MODEL BECAUSE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1699 9.6 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 17072 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.893 Å2-1.446 Å27.882 Å2
2--9.085 Å2-0.079 Å2
3---6.808 Å2
Refine analyze
ObsFree
Luzzati coordinate error0.29 Å-
Luzzati d res low20 Å-
Luzzati sigma a-0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2197 0 44 78 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / Total num. of bins used: 33 /
Rfactor反射数
Rfree0.2562 44
Rwork0.2758 392
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PIB.PARMAPIB.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CME.PARAMCME.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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