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- PDB-1o7i: Crystal structure of a single stranded DNA binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7i
タイトルCrystal structure of a single stranded DNA binding protein
要素SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SINGLE STRANDED DNA / OB FOLD / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to ionizing radiation / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA binding protein Ssb
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kerr, I.D. / Naismith, J.H.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2003
タイトル: Insights into ssDNA recognition by the OB fold from a structural and thermodynamic study of Sulfolobus SSB protein.
著者: Kerr, I.D. / Wadsworth, R.I. / Cubeddu, L. / Blankenfeldt, W. / Naismith, J.H. / White, M.F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Overexpression, Purification, Crystallization and Data Collection of a Single-Stranded DNA-Binding Protein from Sulfolobus Solfataricus
著者: Kerr, I.D. / Wadsworth, R.I. / Blankenfeldt, W. / Staines, A.G. / White, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2002年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月27日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / struct_biol
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
B: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1875
ポリマ－25,8992
非ポリマー2883
水4,882271
1
A: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9501
ポリマ－12,9501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2384
ポリマ－12,9501
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.805, 75.805, 70.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.997569, 0.042527, 0.05521), (0.030994, 0.980296, -0.195085), (-0.062419, -0.1929, -0.979231)
ベクター: 76.734, 0.1142, 13.8283)

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要素

#1: タンパク質 SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN / SSB / SSO2364


分子量: 12949.548 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / プラスミド: PET19B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97W73
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CONTAINS OB-FOLD DOMAINS THAT BIND TO NUCLEIC ACIDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CITRIC ACID, AMMONIUM SULFATE, PH 5.0, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP AT 298K
結晶化
*PLUS
温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Kerr, I.D., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, 57, 1290.
PH range low: 5 / PH range high: 3.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17 mg/mlprotein1drop
22.4 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMcitric acid1reservoirpH3.5-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9600, 0.9780, 0.9786
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI INTERCHANGEABLE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961
20.9781
30.97861
反射解像度: 1.69→37.3 Å / Num. obs: 24609 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 16.5 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.26 Å / 最低解像度: 47.92 Å / Num. obs: 60733 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Num. measured all: 463924 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.26 Å / 最低解像度: 1.29 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 0.805 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUES 116-119 OF CHAIN A & 115-119 OF CHAIN B WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY AND THEREFORE NOT INCLUDED IN THE MODEL. ATOMS AT 0. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUES 116-119 OF CHAIN A & 115-119 OF CHAIN B WERE NOT LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY AND THEREFORE NOT INCLUDED IN THE MODEL. ATOMS AT 0.01 OCCUPANCY WERE NOT LOCATED ON THE ELECTRON DENSITY AND MODELLED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3605 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 67603 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20.2 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 15 271 2017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9552384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88933752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4955227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.21669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0750.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3340.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4851.51132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23321829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7753632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1194.5555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.356 255
Rwork0.343 5006
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9725-0.32960.62850.57340.1682.5612-0.0934-0.05270.06410.03210.01420.037-0.18850.10450.07920.0522-0.0189-0.01380.0333-0.01630.052525.3068.92411.868
20.98810.45070.68531.6706-0.67323.5094-0.06980.0158-0.0476-0.3303-0.0034-0.26520.1278-0.03230.07320.07270.01350.04890.0239-0.00190.070551.5097.4943.372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 114
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.26 Å / 最低解像度: 65 Å / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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