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- PDB-1o5l: Crystal structure of Transcriptional regulator (TM1171) from Ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5l
タイトルCrystal structure of Transcriptional regulator (TM1171) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
要素transcriptional regulator, crp family
キーワードTRANSCRIPTION / TM1171 / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / CRP FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, crp family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: On the use of DXMS to produce more crystallizable proteins: structures of the T. maritima proteins TM0160 and TM1171.
著者: Spraggon, G. / Pantazatos, D. / Klock, H.E. / Wilson, I.A. / Woods, V.L. / Lesley, S.A.
履歴
登録2003年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcriptional regulator, crp family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8951
ポリマ－24,8951
非ポリマー00
水2,000111
1
A: transcriptional regulator, crp family

A: transcriptional regulator, crp family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7902
ポリマ－49,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area3410 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.971, 62.971, 167.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 transcriptional regulator, crp family


分子量: 24895.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1171 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0Q3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 9.5
詳細: 10% PEG-3000, 0.1M CHES pH 9.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 2.0 M / 一般名: ammonium sulfate / 詳細: pH5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9785
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月19日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 12634 / Num. obs: 12634 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.82 % / Biso Wilson estimate: 53.02 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 22.26
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.04 % / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique all: 1231 / Rsym value: 0.912 / % possible all: 98.17
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 9367 / % possible obs: 99.4 % / Num. measured all: 73376 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.31 Å / 最低解像度: 2.43 Å / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.9999精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 11.935 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. PROMINENT DENSITY NEAR RESIDUES SER64 AND ASP111 COULD BE RESIDUAL CAMP, SINCE THIS SEEMS TO BE A CAMP-BINDING CASSETTE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25324 443 4.8 %RANDOM
Rwork0.19483 ---
obs0.19743 8737 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å21.02 Å20 Å2
2--2.04 Å20 Å2
3----3.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 0 0 111 1135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.991408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78232353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4675128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40725.47642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40515203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.652153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.2897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3060.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.5725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13721056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8073428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5854.5352
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 26 4.03 %
Rwork0.287 619 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1477-1.15750.06792.18110.78254.0282-0.0367-0.32040.4106-0.01730.080.0196-0.4471-0.1797-0.0432-0.324-0.0112-0.0084-0.1991-0.0074-0.265720.97431.2262.188
211.483-2.82831.25462.5128-0.94281.85960.22440.1901-0.28560.0121-0.12470.16750.0339-0.0061-0.0997-0.2702-0.00760.0111-0.29350.0126-0.305718.81822.674-11.174
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 9013 - 102
2291 - 129103 - 141
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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