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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5j
タイトルCrystal structure of Periplasmic divalent cation tolerance protein (TM1056) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution
要素periplasmic divalent cation tolerance protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TM1056 / PERIPLASMIC DIVALENT CATION TOLERANCE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


response to metal ion / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Divalent ion tolerance protein, CutA / CutA1 divalent ion tolerance protein / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Divalent-cation tolerance protein CutA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Periplasmic divalent cation tolerance protein (TM1056) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2003年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: periplasmic divalent cation tolerance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7491
ポリマ－13,7491
非ポリマー00
水1,33374
1
A: periplasmic divalent cation tolerance protein

A: periplasmic divalent cation tolerance protein

A: periplasmic divalent cation tolerance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2463
ポリマ－41,2463
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-y+2,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_575-x+y,-x+2,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.514, 52.514, 34.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-127-

HOH

21A-140-

HOH

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要素

#1: タンパク質 periplasmic divalent cation tolerance protein


分子量: 13748.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1056 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0E6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 10.5
詳細: 30% PEG-400, 0.1M CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97944, 0.97924, 0.95658
検出器タイプ: APS / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月25日
詳細: water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979441
20.979241
30.956581
反射解像度: 1.95→45.48 Å / Num. obs: 7337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.49 % / Biso Wilson estimate: 41.58 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 32.91
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.99 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 563 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 70.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.9999精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→45.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.47 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22061 339 4.6 %RANDOM
Rwork0.15603 ---
obs0.15907 6993 93.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.39 Å2-1.2 Å20 Å2
2---2.39 Å20 Å2
3---3.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 0 74 964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.9381235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80431928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3615103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.30723.91346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60915172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.559155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2390.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5113625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1165843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6928466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.13311392
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 19 5.07 %
Rwork0.225 356 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.464 Å / Origin y: 52.935 Å / Origin z: 24.378 Å
111213212223313233
T-0.1697 Å2-0.0176 Å20.0042 Å2--0.1922 Å20.0569 Å2---0.1708 Å2
L4.7897 °2-1.0135 °2-0.8635 °2-2.8242 °20.3902 °2--1.5748 °2
S0.0623 Å °-0.328 Å °-0.374 Å °0.1637 Å °-0.0623 Å °0.3014 Å °0.1072 Å °-0.1999 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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