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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o5j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Periplasmic divalent cation tolerance protein (TM1056) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution | ||||||
要素 | periplasmic divalent cation tolerance protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / TM1056 / PERIPLASMIC DIVALENT CATION TOLERANCE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Periplasmic divalent cation tolerance protein (TM1056) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o5j.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o5j.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1o5j_validation.pdf.gz | 428.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1o5j_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1o5j_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1o5j_validation.cif.gz | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o5j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13748.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM1056 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0E6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 10.5 詳細: 30% PEG-400, 0.1M CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97944, 0.97924, 0.95658 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: APS / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月25日 詳細: water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.95→45.48 Å / Num. obs: 7337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.49 % / Biso Wilson estimate: 41.58 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 32.91 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.99 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 563 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 70.02 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→45.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.47 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -8.464 Å / Origin y: 52.935 Å / Origin z: 24.378 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |