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- PDB-1o55: MOLECULAR STRUCTURE OF TWO CRYSTAL FORMS OF CYCLIC TRIADENYLIC AC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o55
タイトルMOLECULAR STRUCTURE OF TWO CRYSTAL FORMS OF CYCLIC TRIADENYLIC ACID AT 1 ANGSTROM RESOLUTION
要素DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')
キーワードDNA / CYCLIC TRINUCLEOTIDE
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Gao, Y.G. / Robinson, H. / Guan, Y. / Liaw, Y.C. / van Boom, J.H. / van der Marel, G.A. / Wang, A.H.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1998
タイトル: Molecular structure of two crystal forms of cyclic triadenylic acid at 1A resolution.
著者: Gao, Y.G. / Robinson, H. / Guan, Y. / Liaw, Y.C. / van Boom, J.H. / van der Marel, G.A. / Wang, A.H.
履歴
登録2003年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年8月26日ID: 415d
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The crystallized entity is 5'-CD(*AP*AP*AP)-3', however, each of the two independent ...SEQUENCE The crystallized entity is 5'-CD(*AP*AP*AP)-3', however, each of the two independent molecules sits on the crystallographic 3-fold axis. Remark 350 provides the way to create cyclic D(*Ap*Ap*Ap) molecule.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')
B: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8483
ポリマ－1,7892
非ポリマー591
水41423
1
A: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')

A: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')

A: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6843
ポリマ－2,6843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
2
B: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')
ヘテロ分子

B: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')
ヘテロ分子

B: DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.86 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8616
ポリマ－2,6843
非ポリマー1773
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)22.637, 22.637, 44.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settinghexagonal
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

HOH

21A-117-

HOH

31B-101-

HOH

41B-105-

HOH

51B-106-

HOH

61B-107-

HOH

71B-111-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-CD(*AP*AP*AP)-3')


分子量: 894.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic / キーワード: CYCLIC TRINUCLEOTIDE
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1COCL311
2GLYCINE11
3MPD11
4MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.04→10 Å / Num. all: 2198 / Num. obs: 2198 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044

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解析

ソフトウェア
名称分類
bioteXデータ収集
bioteXデータ削減
SHELXS位相決定
SHELXL-97精密化
bioteXデータスケーリング
精密化解像度: 1.04→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射
all0.144 2198 -
obs0.138 2198 97.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 42 7 17 66
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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