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- PDB-1o54: Crystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase (TM0748) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o54
タイトルCrystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase (TM0748) from Thermotoga maritima at 1.65 A resolution
要素SAM-dependent O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TM0748 / SAM-DEPENDENT O-METHYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / tRNA methylation
類似検索 - 分子機能
Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold ...Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #20 / tRNA (1-methyladenosine) methyltransferase catalytic subunit Gcd14 / : / tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit / tRNA (adenine(57)-N(1)/adenine(58)-N(1) or adenine(58)-N(1)) (EC 2.1.1.219 or EC 2.1.1.220) family profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (adenine(58)-N(1))-methyltransferase TrmI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase (TM0748) from Thermotoga maritima at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2003年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6152
ポリマ－31,5791
非ポリマー351
水5,314295
1
A: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子

A: SAM-dependent O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4608
ポリマ－126,3184
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.253, 74.992, 143.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-267-

HOH

21A-276-

HOH

31A-280-

HOH

41A-316-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SAM-dependent O-methyltransferase


分子量: 31579.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0748 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZK7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5
詳細: 40% MPD, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.976224
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月1日 / 詳細: flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976224 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→35.93 Å / Num. all: 40334 / Num. obs: 40334 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 31.78 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4754 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I9G

1i9g


解像度: 1.65→35.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.17 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1, RESIDUES A77-79 HAVE AMBIGUOUS DIFFERENCE DENSITY AROUND THEM AND MAY BE MISTRACED; RESIDUE A78 WAS OMITTED. RESIDUE A163 HAS AMBIGUOUS SIDECHAIN DENSITY. RESIDUES A147-148 MAY HAVE AN ...詳細: 1, RESIDUES A77-79 HAVE AMBIGUOUS DIFFERENCE DENSITY AROUND THEM AND MAY BE MISTRACED; RESIDUE A78 WAS OMITTED. RESIDUE A163 HAS AMBIGUOUS SIDECHAIN DENSITY. RESIDUES A147-148 MAY HAVE AN ALTERNATIVE BACKBONE CONFORMATION, THAT WAS TOO AMBIGUOUS TO TRACE. THE ATOM 1 WAS BUILT AS CHLORINE BECAUSE IT PROVIDES THE BEST ELECTRONIC FIT FOR THE DIFFERENCE DENSITY, WHILE DISTANCES TO NEIGHBOURING WATERS ARE TOO LARGE FOR ISOELECTRONIC CATIONS. A POSSIBLE EXPLANATION FOR ITS PRESENCE IN THE UNCHARGED SITE IS THE LIKELY DIPOLE OF THE ADJACENT HELIX. 2, HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18762 2036 5 %RANDOM
Rwork0.15768 ---
obs0.15918 38297 95.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.161 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 1 295 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9552912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75534657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5445263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.18623.93999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12715392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.531516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.22008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.51321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75922142
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5223834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.324.5770
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 121 5.38 %
Rwork0.277 2128 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.823 Å / Origin y: 32.636 Å / Origin z: 20.851 Å
111213212223313233
T-0.1419 Å20.0143 Å2-0.0017 Å2--0.0695 Å2-0.0001 Å2---0.0558 Å2
L0.1862 °20.2131 °2-0.0032 °2-0.834 °2-0.0158 °2--0.6055 °2
S-0.0096 Å °-0.0225 Å °-0.0518 Å °0.0403 Å °0.027 Å °-0.1607 Å °0.065 Å °0.0973 Å °-0.0173 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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