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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o54 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase (TM0748) from Thermotoga maritima at 1.65 A resolution | ||||||
要素 | SAM-dependent O-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TM0748 / SAM-DEPENDENT O-METHYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA (adenine58-N1)-methyltransferase / : / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of SAM-dependent O-methyltransferase (TM0748) from Thermotoga maritima at 1.65 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o54.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o54.ent.gz | 53.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1o54_validation.pdf.gz | 427.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1o54_full_validation.pdf.gz | 429.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1o54_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1o54_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o54 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1i9gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31579.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM0748 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WZK7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5 詳細: 40% MPD, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.976224 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月1日 / 詳細: flat mirror |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976224 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→35.93 Å / Num. all: 40334 / Num. obs: 40334 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 31.78 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4754 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 78.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1I9G 解像度: 1.65→35.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.17 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1, RESIDUES A77-79 HAVE AMBIGUOUS DIFFERENCE DENSITY AROUND THEM AND MAY BE MISTRACED; RESIDUE A78 WAS OMITTED. RESIDUE A163 HAS AMBIGUOUS SIDECHAIN DENSITY. RESIDUES A147-148 MAY HAVE AN ...詳細: 1, RESIDUES A77-79 HAVE AMBIGUOUS DIFFERENCE DENSITY AROUND THEM AND MAY BE MISTRACED; RESIDUE A78 WAS OMITTED. RESIDUE A163 HAS AMBIGUOUS SIDECHAIN DENSITY. RESIDUES A147-148 MAY HAVE AN ALTERNATIVE BACKBONE CONFORMATION, THAT WAS TOO AMBIGUOUS TO TRACE. THE ATOM 1 WAS BUILT AS CHLORINE BECAUSE IT PROVIDES THE BEST ELECTRONIC FIT FOR THE DIFFERENCE DENSITY, WHILE DISTANCES TO NEIGHBOURING WATERS ARE TOO LARGE FOR ISOELECTRONIC CATIONS. A POSSIBLE EXPLANATION FOR ITS PRESENCE IN THE UNCHARGED SITE IS THE LIKELY DIPOLE OF THE ADJACENT HELIX. 2, HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.161 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→35.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.823 Å / Origin y: 32.636 Å / Origin z: 20.851 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |