[日本語] English
万見
- PDB-1o51: Crystal structure of a putative PII-like signaling protein (TM002... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o51
タイトルCrystal structure of a putative PII-like signaling protein (TM0021) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
要素Hypothetical protein TM0021
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ferredoxin-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


UPF0166 / Uncharacterized ACR, COG1993 / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / UPF0166 protein TM_0021
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a putative PII-like signaling protein (TM0021) from Thermotoga maritima at 2.5 A resolution
著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. ...著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Jaroszewski, L. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年8月19日ID: 1O2C
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_special_symmetry
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein TM0021
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0444
ポリマ－13,4251
非ポリマー6193
水70339
1
A: Hypothetical protein TM0021
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein TM0021
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein TM0021
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,13312
ポリマ－40,2753
非ポリマー1,8589
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area8630 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.110, 100.110, 100.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21A-304-

HOH

31A-328-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein TM0021


分子量: 13425.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0021 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXM9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.37 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 5.60
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
417 mg/mlprotein1drop
52.0 Mammonium sulfate1reservoir
60.2 Msodium potassium tartrate1reservoir
70.1 Mcitrate1reservoirpH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97914, 0.97934
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月27日
詳細: WATER COOLED FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979141
20.979341
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 6359 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 43.83 % / Biso Wilson estimate: 51.99 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 70.05
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 0.57 % / Mean I/σ(I) obs: 10.64 / Rsym value: 0.588 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 70.71 Å / Num. obs: 6360 / Num. measured all: 126573 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 4.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 11.317 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1, PROMINENT DIFFERENCE DENSITY ON THE CRYSTALLOGRAPHIC (AND BIOLOGICAL) THREE-FOLD AXIS WAS INTERPRETED AS TWO SULFATE IONS, EVEN THOUGH BOTH ARE REFINED TO HIGH B-FACTORS.2, THERE IS WEAK ...詳細: 1, PROMINENT DIFFERENCE DENSITY ON THE CRYSTALLOGRAPHIC (AND BIOLOGICAL) THREE-FOLD AXIS WAS INTERPRETED AS TWO SULFATE IONS, EVEN THOUGH BOTH ARE REFINED TO HIGH B-FACTORS.2, THERE IS WEAK AND AMBIGUOUS DENSITY INDICATING THE GENERAL LOCATION OF THE LAST RESIDUE OMITTED IN THE CHAIN BREAK, SER59A.3, HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 787 12.4 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.19 5544 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数703 0 37 39 779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7842.0261033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87331613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.913589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.25724.06232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15215129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.487153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.5441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6852708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5863320
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2314.5324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 76
Rwork0.171 371
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.212 Å / Origin y: 12.387 Å / Origin z: 4.348 Å
111213212223313233
T-0.0264 Å2-0.0201 Å20.0034 Å2--0.2146 Å2-0.0658 Å2---0.1646 Å2
L5.7424 °2-0.0523 °22.4899 °2-3.7382 °2-1.3634 °2--4.8187 °2
S-0.2259 Å °-0.3676 Å °0.4388 Å °0.5771 Å °0.0022 Å °0.1537 Å °-0.7102 Å °-0.1453 Å °0.2237 Å °
精密化
*PLUS
最低解像度: 70.71 Å / Num. reflection obs: 6331 / % reflection Rfree: 12.4 % / Rfactor Rwork: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.78

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る