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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o4t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a predicted oxalate decarboxylase (tm1287) from thermotoga maritima at 1.95 A resolution | ||||||
![]() | putative oxalate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / Double-stranded beta-helix fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxalate decarboxylase activity / oxalate metabolic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a putative oxalate decarboxylase (TM1287) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution 著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Jaroszewski, L. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. ...著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Jaroszewski, L. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fi2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14750.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM1287 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6 詳細: 20 % PEG 6000, 1.0 M LiCl, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月26日 / 詳細: FLAT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.983967 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→25.29 Å / Num. obs: 17758 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.93 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 33.52 Å / % possible obs: 0.098 % / Num. measured all: 62794 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1FI2 解像度: 1.95→25.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.542 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. METAL IDENTIFIED BY A) HOMOLOGY TO 1J58 B) BEST AGREEMENT OF REFINED B-FACTOR WITH LIGATING RESIDUES. 2. OXALATE IDENIFIED BASED ON HOMOLOGY TO 1J58. HIGH BFACTORS INDICATE PARTIAL ...詳細: 1. METAL IDENTIFIED BY A) HOMOLOGY TO 1J58 B) BEST AGREEMENT OF REFINED B-FACTOR WITH LIGATING RESIDUES. 2. OXALATE IDENIFIED BASED ON HOMOLOGY TO 1J58. HIGH BFACTORS INDICATE PARTIAL OCCUPANCY, WHICH WAS NOT MODELED. C- C BOND PLANARITY WAS NOT RESTRAINED DURING REFINEMENT. 3. ARG23 HAS CLOSELY-BOUND WATER; DENSITY SUGGESTS POSSIBLE OMEGA -HYDROXYLATED ARGININE. 4. UNEXPLAINED CONTINUOUS DENSITY MODELED AS WATER CHAINS. 5. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→25.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.3219 Å / Origin y: -0.1822 Å / Origin z: 16.2354 Å
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精密化 TLSグループ |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 33.52 Å / Num. reflection obs: 17758 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.163 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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