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- PDB-1o4t: Crystal structure of a predicted oxalate decarboxylase (tm1287) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o4t
タイトルCrystal structure of a predicted oxalate decarboxylase (tm1287) from thermotoga maritima at 1.95 A resolution
要素putative oxalate decarboxylase
キーワードLYASE / Double-stranded beta-helix fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate decarboxylase activity / oxalate metabolic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXALATE ION / Oxalate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a putative oxalate decarboxylase (TM1287) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution
著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Jaroszewski, L. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. ...著者: Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Jaroszewski, L. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hampton, E. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Levin, I. / McMullan, D. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Robb, A. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative oxalate decarboxylase
B: putative oxalate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7886
ポリマ－29,5022
非ポリマー2864
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.132, 49.738, 69.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 putative oxalate decarboxylase


分子量: 14750.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1287 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X113
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION


分子量: 88.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 20 % PEG 6000, 1.0 M LiCl, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K, pH 6.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mlsatTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
410 mg/mlprotein1drop
520 %PEG60001reservoir
61.0 M1reservoirLiCl
70.1 MMES1reservoirpH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.983967
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月26日 / 詳細: FLAT MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25.29 Å / Num. obs: 17758 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.93 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 88
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 33.52 Å / % possible obs: 0.098 % / Num. measured all: 62794
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FI2

1fi2


解像度: 1.95→25.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.542 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. METAL IDENTIFIED BY A) HOMOLOGY TO 1J58 B) BEST AGREEMENT OF REFINED B-FACTOR WITH LIGATING RESIDUES. 2. OXALATE IDENIFIED BASED ON HOMOLOGY TO 1J58. HIGH BFACTORS INDICATE PARTIAL ...詳細: 1. METAL IDENTIFIED BY A) HOMOLOGY TO 1J58 B) BEST AGREEMENT OF REFINED B-FACTOR WITH LIGATING RESIDUES. 2. OXALATE IDENIFIED BASED ON HOMOLOGY TO 1J58. HIGH BFACTORS INDICATE PARTIAL OCCUPANCY, WHICH WAS NOT MODELED. C- C BOND PLANARITY WAS NOT RESTRAINED DURING REFINEMENT. 3. ARG23 HAS CLOSELY-BOUND WATER; DENSITY SUGGESTS POSSIBLE OMEGA -HYDROXYLATED ARGININE. 4. UNEXPLAINED CONTINUOUS DENSITY MODELED AS WATER CHAINS. 5. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 883 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.163 16875 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å20 Å21.66 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1772 0 14 198 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211823
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.021667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9622450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84933887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1725228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59524.07481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12615330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7331511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.21650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2690.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8021.51136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48321823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6753687
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4744.5627
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.342 63
Rwork0.287 1078
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.3219 Å / Origin y: -0.1822 Å / Origin z: 16.2354 Å
111213212223313233
T-0.1642 Å2-0.0243 Å2-0.0371 Å2--0.18 Å2-0.0053 Å2---0.1254 Å2
L2.4919 °21.1049 °2-1.9792 °2-1.25 °2-1.8341 °2--4.4463 °2
S-0.1108 Å °0.2669 Å °-0.0363 Å °-0.1352 Å °0.1837 Å °0.0443 Å °-0.0197 Å °-0.2088 Å °-0.0729 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 12119 - 133
2X-RAY DIFFRACTION1BB7 - 12119 - 133
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 33.52 Å / Num. reflection obs: 17758 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.163
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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