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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o26 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thymidylate Synthase Complementing Protein (TM0449) from Thermotoga maritima with FAD and dUMP at 1.6 A resolution | ||||||
![]() | Thymidylate synthase thyX | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TM0449 / THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEMENTING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mathews, I.I. / Deacon, A.M. / Canaves, J.M. / McMullan, D. / Lesley, S.A. / Agarwalla, S. / Kuhn, P. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional Analysis of Substrate and Cofactor Complex Structures of a Thymidylate Synthase-Complementing Protein 著者: Mathews, I.I. / Deacon, A.M. / Canaves, J.M. / McMullan, D. / Lesley, S.A. / Agarwalla, S. / Kuhn, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27503.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM0449 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9WYT0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-UMP / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-PGE / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50% PEG 200, 0.1M Tris-HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION,HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Kuhn, P., (2002) Proteins, 49, 142. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月30日 詳細: Flat mirror, single crystal Si(111) bent monochromator |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50.247 Å / Num. all: 121887 / Num. obs: 121887 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.189 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 8240 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 91.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 530608 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.5 % / Rmerge(I) obs: 0.539 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KQ4 解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Bulk solvent correction / Bsol: 0.42784 Å2 / ksol: 61.6606 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1893 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.61 Å / Total num. of bins used: 50
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.203 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |