[日本語] English
万見
- PDB-1nzp: Solution Structure of the Lyase Domain of Human DNA Polymerase Lambda -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nzp
タイトルSolution Structure of the Lyase Domain of Human DNA Polymerase Lambda
要素DNA polymerase lambda
キーワードDNA BINDING PROTEIN/TRANSFERASE / DNA POLYMERASE LAMBDA / POL LAMBDA / LYASE DOMAIN / 8 kDa DOMAIN / POL BETA-LIKE / DNA BINDING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics follow by cartesian dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者DeRose, E.F. / Kirby, T.W. / Mueller, G.A. / Bebenek, K. / Garcia-Diaz, M. / Blanco, L. / Kunkel, T.A. / London, R.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of the Lyase Domain of Human DNA Polymerase Lambda
著者: DeRose, E.F. / Kirby, T.W. / Mueller, G.A. / Bebenek, K. / Garcia-Diaz, M. / Blanco, L. / Kunkel, T.A. / London, R.E.
履歴
登録2003年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7151
ポリマ－9,7151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2


分子量: 9715.243 Da / 分子数: 1 / 断片: POLYMERASE LAMBDA LYASE DOMAIN(RESIDUES 242 - 327) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pET30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Chemical shift assigments were made from 3D HNCACB, CBCA(CO)NH, HNCO, H(CCO)NH, and (H)C(CO)NH experiments. Aromatic resonances were assigned using 2D (HB)CB(CGCD)HD and (HB)CB(CGCDCE)HE experiments.

-
試料調製

詳細内容: 2mM pol lambda 8 kDa domain U-15N,13C; 5mM Tris-d11; 100mM NaCl; 1mM DTT; 5mM NaN3
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 5mM Tris, 100mM NaCl, 5mM NaN3 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian, Inc.collection
NMRPipe2.1F. Delaglio解析
NMRView5.0.4B.A. Johnsonデータ解析
CNS1A.T., Brunger et al.構造決定
ARIA1.1M. Nilges構造決定
ARIA1.1M. Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing torsion angle dynamics follow by cartesian dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was computed using default ARIA parameters. 281 manually assigned NOE distance restraints were used in addition to the NOE restraints automatically assigned by ARIA. ARIA ...詳細: The structure was computed using default ARIA parameters. 281 manually assigned NOE distance restraints were used in addition to the NOE restraints automatically assigned by ARIA. ARIA assigned 790 unambiguous and 191 ambiguous NOE restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る