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- PDB-1nz0: RNASE P PROTEIN FROM THERMOTOGA MARITIMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nz0
タイトルRNASE P PROTEIN FROM THERMOTOGA MARITIMA
要素Ribonuclease P protein component
キーワードHYDROLASE / ENDONUCLEASE / RNASE / ALFA-BETA SANDWICH / DIMER / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P / Ribonuclease P, conserved site / Ribonuclease P / Bacterial ribonuclease P protein component signature. / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease P protein component
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kazantsev, A.V. / Krivenko, A.A. / Harrington, D.J. / Carter, R.J. / Holbrook, S.R. / Adams, P.D. / Pace, N.R. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: High-resolution structure of RNase P protein from Thermotoga maritima.
著者: Kazantsev, A.V. / Krivenko, A.A. / Harrington, D.J. / Carter, R.J. / Holbrook, S.R. / Adams, P.D. / Pace, N.R.
履歴
登録2003年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein component
C: Ribonuclease P protein component
B: Ribonuclease P protein component
D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,24920
ポリマ－57,7124
非ポリマー1,53716
水9,602533
1
A: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6203
ポリマ－14,4281
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7164
ポリマ－14,4281
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0047
ポリマ－14,4281
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9086
ポリマ－14,4281
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

A: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,24920
ポリマ－57,7124
非ポリマー1,53716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_747-x+2,y-1/2,-z+21
Buried area5710 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
6
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

A: Ribonuclease P protein component
D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,24920
ポリマ－57,7124
非ポリマー1,53716
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
7
A: Ribonuclease P protein component
C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3367
ポリマ－28,8562
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
8
B: Ribonuclease P protein component
D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,91313
ポリマ－28,8562
非ポリマー1,05711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
9
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,91313
ポリマ－28,8562
非ポリマー1,05711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
10
C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

A: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3367
ポリマ－28,8562
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area1800 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
11
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,91313
ポリマ－28,8562
非ポリマー1,05711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_747-x+2,y-1/2,-z+21
Buried area2430 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
12
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,62917
ポリマ－43,2843
非ポリマー1,34514
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y+1/2,-z+11
Buried area4600 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
13
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子

D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,62917
ポリマ－43,2843
非ポリマー1,34514
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_747-x+2,y-1/2,-z+21
Buried area3970 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.227, 64.143, 68.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ribonuclease P protein component / RNaseP protein / RNase P protein / Protein C5


分子量: 14427.935 Da / 分子数: 4 / 変異: M1S, L41M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: RNPA OR TM1463 / プラスミド: PGEX4TA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q9X1H4, ribonuclease P
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 1500, potassium sulfate, sodium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 5.2 / PH range high: 4.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mM1reservoirpH4.8-5.2NaOAc
212-18 %PEG15001reservoir
3200 mM1reservoirK2SO4
43 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9792 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月11日 / 詳細: W16 WIGGLER
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 118678 / Num. obs: 118678 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.53 % / Biso Wilson estimate: 13.688 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.2→1.35 Å / 冗長度: 4.01 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 16982 / Rsym value: 0.565 / % possible all: 38.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 774818
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 38.7 % / Num. unique obs: 16982 / Num. measured obs: 67203

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→30 Å / Num. parameters: 41196 / Num. restraintsaints: 57603 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 2.14%
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 5799 4.9 %RANDOM
Rwork0.1625 ---
all0.1634 118678 --
obs0.1625 117875 79.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 148 / Occupancy sum hydrogen: 3913 / Occupancy sum non hydrogen: 4230.3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 0 80 533 4577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0287
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.134
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.141
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.076
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rwork: 0.1634
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.715
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.134

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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