[日本語] English
万見
- PDB-1nyo: Solution structure of the antigenic TB protein MPT70/MPB70 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nyo
タイトルSolution structure of the antigenic TB protein MPT70/MPB70
要素Immunogenic protein MPT70
キーワードIMMUNE SYSTEM / seven-stranded beta-barrel / fasciclin domain / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / extracellular matrix / cell adhesion / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
FAS1 domain / FAS1 domain / : / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunogenic protein MPT70 / Immunogenic protein MPT70
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics with simmulated annealing
データ登録者Bloemink, M.J. / Dentten, E. / Hewinson, R.G. / Williamson, R.A. / Carr, M.D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of the Mycobacterium tuberculosis complex protein MPB70: from tuberculosis pathogenesis to inherited human corneal desease
著者: Carr, M.D. / Bloemink, M.J. / Dentten, E. / Whelan, A.O. / Gordon, S.V. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Hewinson, R.G. / Williamson, R.A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001
タイトル: Sequence-specific assignment and determination of the secondary structure of the 163-residue M.tuberculosis and M.bovis antigenic protein MPB70
著者: Bloemink, M.J. / Kemmink, J. / Dentten, E. / Muskett, F.W. / Whelan, A. / Sheikh, A. / Hewinson, G. / Williamson, R.A. / Carr, M.D.
履歴
登録2003年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunogenic protein MPT70


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3111
ポリマ－16,3111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)38 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Immunogenic protein MPT70 / mycobacterial protein MPT70 / MPB70


分子量: 16311.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mpt70/mpb70 / プラスミド: pBluescript KS+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P0A668, UniProt: P9WNF5*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 15N-separated NOESY
1233D 13C-separated NOESY
132HNHB
1423D 15N-separated TOCSY (short tmix)
1542D NOESY
1652D NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM MPB70 U-15N,13C, 20mM phosphate buffer/100mM NaCl90% H2O/10% D2O
21.0mM MPB70 U-15N, 20mM phosphate buffer/100mM NaCl90% H2O/10% D2O
31.0mM MPB70 U-15N,U-13C (except Y,H,F(12C)), 20mM phosphate buffer/100mM NaCl100% D2O
41.0mM MPB70 U-14N,12C, 20mM phosphate buffer/100mM NaCl90% H2O/10% D2O
51.0mM MPB70 U-14N,12C, 20mM phosphate buffer/100mM NaCl100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM phosphate/100mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVariancollection
NMRPipesgi6xDelaglio解析
XEASY1.3.11Bartelsデータ解析
CYANA1.0.3Guentert構造決定
CYANA1.0.3Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics with simmulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the solution structures are based on a total of 2892 NOE-derived distance constraints, 98 distance constraints from hydrogen bonds and 35 torsion angle constraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 38

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る