PDB-1nxn: SOLUTION STRUCTURE OF CONTRYPHAN-VN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nxn

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF CONTRYPHAN-VN

要素

CONTRYPHAN-VN, MAJOR FORM (CIS CONFORMER)

キーワード

TOXIN / D-TRYPTOPHAN / CYCLIC PEPTIDE / DISULFIDE BRIDGE / CIS-TRANS ISOMERISM

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Eliseo, T. / Cicero, D.O. / Polticelli, F. / Schinina, M.E. / Massilia, G.R. / Paci, M. / Ascenzi, P.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the cyclic peptide contryphan-Vn, a Ca2+-dependent K+ channel modulator
著者: Eliseo, T. / Cicero, D.O. / Romeo, C. / Schinina, M.E. / Massilia, G.R. / Polticelli, F. / Ascenzi, P. / Paci, M.

履歴

登録	2003年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2003年3月4日	ID: 1N3V
改定 1.0	2003年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年6月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software ...pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nxn.cif.gz	55.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nxn.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nxn_validation.pdf.gz	347.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nxn_full_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示
XML形式データ	1nxn_validation.xml.gz	5.6 KB	表示
CIF形式データ	1nxn_validation.cif.gz	7.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tor-d 6beo-d 1gnb-d 2ox2-d 1mii-d 6ey3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CONTRYPHAN-VN, MAJOR FORM (CIS CONFORMER)

1.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	FEWEST RESTRAINTS VIOLATIONS, LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	CONTRYPHAN-VN, MAJOR FORM (CIS CONFORMER) 分子量: 1090.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN THE VENOM DUCT OF CONUS VENTRICOSUS (MARINE CONE SNAIL). 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D ROESY
1	3	1	COSY
1	4	1	1H- 15N HSQC
1	5	1	1H-13C HMQC
1	6	1	1H-13C HSQC-TOCSY

NMR実験の詳細

Text: HETERONUCLEAR EXPERIMENTS WERE PERFORMED AT NATURAL ABUNDANCE

-
試料調製

詳細	内容: 5 MM PROTEIN / 溶媒系: H2O+D2O, D2O
試料状態	pH: 3.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 400 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR		構造決定
NMRPipe		構造決定
NMRView		構造決定
XPLOR	1.5	構造決定
XPLOR	1.5	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: FEWEST RESTRAINTS VIOLATIONS, LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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