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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nwa | ||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis Methionine Sulfoxide Reductase A in Complex with Protein-bound Methionine | ||||||
要素 | Peptide methionine sulfoxide reductase msrA | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / peptide methionine sulfoxide reductase / product complex / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / L-methionine:thioredoxin-disulfide S-oxidoreductase activity / Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / response to nitrosative stress / protein modification process => GO:0036211 / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, A.B. / Benglis Jr., D.M. / Dhandayuthapani, S. / Hart, P.J. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003 タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis Methionine Sulfoxide Reductase A in Complex with Protein-bound Methionine 著者: Taylor, A.B. / Benglis Jr., D.M. / Dhandayuthapani, S. / Hart, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nwa.cif.gz | 53.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nwa.ent.gz | 36.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nwa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nwa_validation.pdf.gz | 419.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nwa_full_validation.pdf.gz | 420 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nwa_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nwa_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/1nwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/1nwa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ff3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23041.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: MSRA / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A5L0, UniProt: P9WJM5*PLUS, EC: 1.8.4.6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: sodium formate, sodium citrate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月7日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: confocal multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 30701 / Num. obs: 30701 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2915 / % possible all: 94.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 30657 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 94.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FF3 解像度: 1.5→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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