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- PDB-1nw9: STRUCTURE OF CASPASE-9 IN AN INHIBITORY COMPLEX WITH XIAP-BIR3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nw9
タイトルSTRUCTURE OF CASPASE-9 IN AN INHIBITORY COMPLEX WITH XIAP-BIR3
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
  • caspase 9, apoptosis-related cysteine protease
キーワードAPOPTOSIS / caspase-9 / XIAP / caspase inhibition / caspase activation / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-9 / caspase complex / Formation of apoptosome / apoptosome / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway ...caspase-9 / caspase complex / Formation of apoptosome / apoptosome / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / platelet formation / RIPK1-mediated regulated necrosis / response to anesthetic / regulation of innate immune response / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of execution phase of apoptosis / signal transduction in response to DNA damage / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / cellular response to dexamethasone stimulus / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / protein maturation / response to ischemia / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of JNK cascade / kidney development / enzyme activator activity / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of PTEN stability and activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein processing / SH3 domain binding / Wnt signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / ubiquitin-protein transferase activity / cellular response to UV / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to estradiol / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / response to hypoxia / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CASP9, CARD domain / XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat ...CASP9, CARD domain / XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase-9 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shiozaki, E.N. / Chai, J. / Rigotti, D.J. / Riedl, S.J. / Li, P. / Srinivasula, S.M. / Alnemri, E.S. / Fairman, R. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Mechanism of XIAP-Mediated Inhibition of Caspase-9
著者: Shiozaki, E.N. / Chai, J. / Rigotti, D.J. / Riedl, S.J. / Li, P. / Srinivasula, S.M. / Alnemri, E.S. / Fairman, R. / Shi, Y.
履歴
登録2003年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
B: caspase 9, apoptosis-related cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8673
ポリマ－41,8012
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.4, 104.4, 170.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP / IAP- ...Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP / IAP-like protein / HILP / the BIR3 domain of XIAP


分子量: 11327.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC4 OR API3 OR IAP3 OR XIAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98170
#2: タンパク質 caspase 9, apoptosis-related cysteine protease / catalytic domain of caspase-9


分子量: 30473.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55211
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris, potassium phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMTris1reservoirpH8.0
21.0 Mpotassium monohydrogen phosphate1reservoir
30.2 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月28日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99 Å / Num. all: 23206 / Num. obs: 23136 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 415375 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.525

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.235 1064 RANDOM
Rwork0.23 --
all0.23 22104 -
obs0.23 22104 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2589 0 1 0 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.09
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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