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- PDB-1nut: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOSOLIC NMN/NaMN ADENYLYLTRANSFERASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nut
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOSOLIC NMN/NaMN ADENYLYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH ATP ANALOG
要素FKSG76
キーワードTRANSFERASE / NAD BIOSYNTHESIS / MITOCHONDRIA / PYRIDINE ADENYLYLTRANSFERASE / ENZYME CATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nucleotide biosynthetic process / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Nicotinate metabolism / NAD biosynthetic process / response to tumor necrosis factor / response to wounding / mitochondrial matrix ...nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nucleotide biosynthetic process / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Nicotinate metabolism / NAD biosynthetic process / response to tumor necrosis factor / response to wounding / mitochondrial matrix / axon / neuronal cell body / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide/nicotinate mononucleotide adenylyltransferase, eukaryotic / Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Nicotinamide/nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, X. / Kurnasov, O.V. / Karthikeyan, S. / Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Zhang, H.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF A HUMAN CYTOSOLIC NMN/NaMN ADENYLYLTRANSFERASE AND IMPLICATION IN HUMAN NAD BIOSYNTHESIS
著者: ZHANG, X. / KURNASOV, O.V. / KARTHIKEYAN, S. / GRISHIN, N.V. / OSTERMAN, A.L. / ZHANG, H.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: STRUCTURE OF HUMAN NICOTINAMIDE/NICOTONIC ACID MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE BASIS FOR THE DUAL SUBSTRATE SPECIFICITY AND ACTIVATION OF THE ONCOLYTIC AGENT TIAZOFURIN
著者: ZHOU, T. / KURNASOV, O. / TOMCHICK, D.R. / BINNS, D.D. / GRISHIN, N.V. / MARQUEZ, V.E. / OSTERMAN, A.L. / ZHANG, H.
履歴
登録2003年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FKSG76
B: FKSG76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9966
ポリマ－56,7942
非ポリマー1,2034
水4,522251
1
A: FKSG76
B: FKSG76
ヘテロ分子

A: FKSG76
B: FKSG76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,99212
ポリマ－113,5874
非ポリマー2,4058
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13860 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.281, 79.281, 146.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-698-

HOH

21A-706-

HOH

31B-699-

HOH

詳細Biological assembly is tetramer and is generated by two fold axis : Y,X,-Z

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要素

#1: タンパク質 FKSG76 / NMN/NaMN ADENYLYLTRANSFERASE


分子量: 28396.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKSG76 / プラスミド: pPROEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10-beta / 参照: UniProt: Q96T66
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NA CADODALYTE, LITHIUM SULPHATE, PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7 / PH range high: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0-7.0
3200 mM1reservoirLi2SO4
420-25 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月1日 / 詳細: OSMIC MIRROR
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 37195 / Num. obs: 36285 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 37195 / % possible obs: 98.5 % / Num. measured all: 214627 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 % / Rmerge(I) obs: 0.383

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KQN

1kqn


解像度: 1.9→35.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 444067.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1815 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 36285 96.3 %-
all-37195 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4973 Å2 / ksol: 0.347196 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å20 Å2
2---2.53 Å20 Å2
3---5.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 72 251 3702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it32.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 284 5.2 %
Rwork0.246 5175 -
obs--89 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SO4.PARSO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION4APC.PARAPC.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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