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- PDB-1nsk: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nsk
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, NM23-H2
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE (PO4 AS ACCEPTOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermis development / nucleoside triphosphate biosynthetic process / protein histidine kinase activity / Ribavirin ADME / G-quadruplex DNA binding / nucleoside-diphosphate kinase / positive regulation of keratinocyte differentiation / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process ...regulation of epidermis development / nucleoside triphosphate biosynthetic process / protein histidine kinase activity / Ribavirin ADME / G-quadruplex DNA binding / nucleoside-diphosphate kinase / positive regulation of keratinocyte differentiation / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / histidine kinase / ruffle / cell periphery / positive regulation of epithelial cell proliferation / integrin-mediated signaling pathway / GDP binding / lamellipodium / regulation of apoptotic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / cell adhesion / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Williams, R.L. / Perisic, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of a human nucleoside diphosphate kinase, NM23-H2.
著者: Webb, P.A. / Perisic, O. / Mendola, C.E. / Backer, J.M. / Williams, R.L.
履歴
登録1995年7月4日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
L: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
T: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
U: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
N: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
O: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9446
ポリマ－103,9446
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15450 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area36880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.670, 118.800, 90.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.011722, -0.99971, 0.020906), (-0.999911, -0.011854, -0.006192), (0.006438, -0.020832, -0.999762)87.6304, 89.5592, 67.9659
2given(0.028594, 0.01165, -0.999523), (0.009486, -0.99989, -0.011383), (-0.999546, -0.009156, -0.028701)79.3793, 82.5227, 82.549
3given(-0.999838, 0.015465, -0.009183), (0.009302, 0.007614, -0.999928), (-0.015394, -0.999851, -0.007757)94.8163, 74.361, 76.0753
4given(-0.026048, 0.99966, 0.001129), (-0.026962, -0.001832, 0.999635), (0.999297, 0.026008, 0.027)7.3653, 8.9439, -15.8543
5given(-0.015557, -0.026262, 0.999534), (0.999875, -0.003176, 0.015479), (0.002768, 0.99965, 0.026309)15.6332, -6.6, -8.6207

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要素

#1: タンパク質
NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量: 17324.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NM23-H2 / プラスミド: PMAL-C2 (NEW ENGLAND BIOLABS) / 遺伝子 (発現宿主): NM23-H2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22392, nucleoside-diphosphate kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl1drop
21.8 Mammonium sulfate1drop
315 %(w/v)glycerol1drop
40.1 MTris-HCl1reservoir
52.2 Mammonium sulfate1reservoir
620 %(w/v)glycerol1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. obs: 29553 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 -2.85 %
Rwork0.249 --
obs0.249 26512 89.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7206 0 0 0 7206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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