PDB-1nqg: OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nqg

タイトル

OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BOUND CALCIUM

要素

vitamin b12 receptor

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Beta barrel / cobalamin / VITAMIN B12 / membrane transport / calcium binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / transmembrane transporter complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / protein domain specific binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.31 Å

データ登録者

Chimento, D.P. / Mohanty, A.K. / Kadner, R.J. / Wiener, M.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Substrate-induced transmembrane signaling in the cobalamin transporter BtuB
著者: CHIMENTO, D.P. / MOHANTY, A.K. / KADNER, R.J. / WIENER, M.C.

履歴

登録	2003年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nqg.cif.gz	132 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nqg.ent.gz	102.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nqg_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nqg_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	1nqg_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	1nqg_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nqeC 1nqfSC 1nqhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nqf-d 1nqe-d 3rgm-d 3rgn-d 3m8d-d 4kvl-d 3m8b-d 6ru9-d 7kdn-4 1nqh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: vitamin b12 receptor

ヘテロ分子

68.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.632, 81.632, 225.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	vitamin b12 receptor / OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER BTUB 分子量: 66386.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuB / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P06129
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.37 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHYLENE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

詳細: Chimento, D.P., (2003) Acta Crystallogr., Sect.D, 59, 509.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	12 mg/ml	protein	1	drop
2	200-400 mM	magnesium acetate	1	reservoir
3	4-7 %	PEG3350	1	reservoir
4	50 mM	cacodylate	1	reservoir	pH6.6
5	20 mM		1	reservoir		C8E4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.255 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.255 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→35 Å / Num. all: 13745 / Num. obs: 13146 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 3.3→3.33 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique all: 316 / R_sym value: 0.22 / % possible all: 95.8
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / R_merge(I) obs*: 0.079
反射シェル	PLUS 最高解像度: 3.3 Å / % possible obs: 95.8 % / R_merge(I) obs*: 0.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NQF

1nqf

解像度: 3.31→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.887 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 30.727 / SU ML: 0.539 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AVERAGE ISOTROPIC B VALUE IS AN AVERAGE RESIDUAL B FACTOR.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	642	5 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
all	0.236	12961	-	-
obs	0.236	12327	95.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.768 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	-0.27 Å²	0 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.82 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.539 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.31→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4555	0	130	0	4685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.021	4786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.619	1.939	6466
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.053	3	9632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.094	3	573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.592	15	724
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.372	0.3	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.354	0.3	5156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.058	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.32	0.5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.262	0.3	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.325	0.3	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.91	1.5	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.536	2	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.808	3	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.94	4.5	1924

LS精密化シェル

解像度: 3.31→3.389 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.272	51
R_work	0.204	848

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.304	-0.003	0.2528	2.1919	0.111	2.8026	0.0055	0.232	-0.2025	0.0949	0.0387	0.1498	0.1384	-0.2587	-0.0441	0.5119	0.3161	0.2326	0.2146	0.084	0.2902	-6.5336	64.3029	24.8608
2	1.9251	0.022	-0.0221	1.2938	-0.0635	1.4063	-0.0845	0.5501	-0.1292	-0.1661	0.0573	0.1153	0.1062	-0.2263	0.0272	0.5639	0.2955	0.1983	0.3208	0.1276	0.3455	-5.1835	65.9821	21.057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 136	6 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	137 - 594	137 - 594

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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