PDB-1nqf: OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, METHION...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nqf

タイトル

OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, METHIONINE SUBSTIUTION CONSTRUCT FOR SE-MET SAD PHASING

要素

Vitamin B12 receptor

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / BETA BARREL / cobalamin / VITAMIN B12 / OUTER MEMBRANE TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / porin activity / pore complex / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein domain specific binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAD/direct method / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Chimento, D.P. / Mohanty, A.K. / Kadner, R.J. / Wiener, M.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Substrate-induced transmembrane signaling in the cobalamin transporter BtuB
著者: CHIMENTO, D.P. / MOHANTY, A.K. / KADNER, R.J. / WIENER, M.C.

履歴

登録	2003年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nqf.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nqf.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nqf_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nqf_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	1nqf_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	1nqf_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nqeC 1nqgC 1nqhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m8b-d 1nqg-d 3rgn-d 3m8d-d 3rgm-d 2guf-d 1nqe-d 4kvl-d 1nqh-d 5a19-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vitamin B12 receptor

ヘテロ分子

68.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.614, 81.614, 226.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Vitamin B12 receptor / OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER BTUB 分子量: 66669.500 Da / 分子数: 1 / 変異: W317M, K319M, T321M, W516M, I518M, Y520M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuB / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)plysS / 参照: UniProt: P06129
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.36 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHELYENE, tris-(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

詳細: Chimento, D.P., (2003) Acta Crystallogr., Sect.D, 59, 509.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	12 mg/ml	protein	1	drop
2	200-400 mM	magnesium acetate	1	reservoir
3	4-7 %	PEG3350	1	reservoir
4	50 mM	cacodylate	1	reservoir	pH6.6
5	20 mM		1	reservoir		C8E4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月5日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 44260 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique all: 3915 / R_sym value: 0.536 / % possible all: 84.6
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 44020 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs*: 0.091
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.78 Å / % possible obs: 89.3 % / R_merge(I) obs*: 0.56

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
CNS		精密化
SHARP		位相決定
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法: SAD/direct method / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 17.389 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.66 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AVERAGE ISOTROPIC B VALUE IS AN AVERAGE RESIDUAL B FACTOR.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	1216	5.1 %	RANDOM
R_work	0.244	-	-	-
all	0.246	22832	-	-
obs	0.246	22706	96.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.163 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0.28 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4294	0	127	69	4490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	1.946	6078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	9213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.664	3	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.895	15	705
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.374	0.3	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.349	0.3	4697
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.5	361
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.115	0.5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.365	0.3	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.41	0.3	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.565	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.592	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.309	1.5	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.703	2	4281
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	20.052	3	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	25.098	4.5	1797

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.399	90
R_work	0.322	1467

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7816	0.2983	0.1404	1.0139	-0.299	0.8986	-0.0115	0.2332	-0.1086	-0.0709	0.009	0.0738	0.1536	-0.1557	0.0025	0.2834	0.1835	0.0359	0.1201	0.0099	0.1428	-6.319	64.3165	24.7511
2	0.8155	-0.1433	0.0226	0.7878	0.1139	0.75	0.0211	0.2159	-0.0279	-0.1179	-0.0118	0.0605	0.0597	-0.0695	-0.0092	0.252	0.1591	0.0571	0.1347	0.0366	0.1354	-4.7088	65.6505	22.7514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 136	7 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	137 - 594	137 - 594

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.286

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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