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- PDB-1nqf: OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, METHION... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nqf
タイトルOUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, METHIONINE SUBSTIUTION CONSTRUCT FOR SE-MET SAD PHASING
要素Vitamin B12 receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BETA BARREL / cobalamin / VITAMIN B12 / OUTER MEMBRANE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / transmembrane transporter complex / porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein domain specific binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel ...TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitamin B12 transporter BtuB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/direct method / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chimento, D.P. / Mohanty, A.K. / Kadner, R.J. / Wiener, M.C.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Substrate-induced transmembrane signaling in the cobalamin transporter BtuB
著者: CHIMENTO, D.P. / MOHANTY, A.K. / KADNER, R.J. / WIENER, M.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and initial X-ray diffraction of BtuB, the integral membrane cobalamin transporter of Escherichia coli
著者: CHIMENTO, D.P. / MOHANTY, A.K. / KADNER, R.J. / WIENER, M.C.
履歴
登録2003年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5328
ポリマ－66,6701
非ポリマー1,8637
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.614, 81.614, 226.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12 receptor / OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER BTUB


分子量: 66669.500 Da / 分子数: 1 / 変異: W317M, K319M, T321M, W516M, I518M, Y520M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuB / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)plysS / 参照: UniProt: P06129
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHELYENE, tris-(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Chimento, D.P., (2003) Acta Crystallogr., Sect.D, 59, 509.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
2200-400 mMmagnesium acetate1reservoir
34-7 %PEG33501reservoir
450 mMcacodylate1reservoirpH6.6
520 mM1reservoirC8E4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月5日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 44260 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique all: 3915 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 84.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 44020 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.78 Å / % possible obs: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
CNS精密化
SHARP位相決定
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: SAD/direct method / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 17.389 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.66 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AVERAGE ISOTROPIC B VALUE IS AN AVERAGE RESIDUAL B FACTOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1216 5.1 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.246 22832 --
obs0.246 22706 96.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.84 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 127 69 4490
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0214512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8181.9466078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7739213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6643539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.89515705
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3740.31207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3490.34697
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.5361
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1150.515
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3650.328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.410.3126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5650.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.5920.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.3091.52671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.70324281
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it20.05231841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it25.0984.51797
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.399 90
Rwork0.322 1467
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.78160.29830.14041.0139-0.2990.8986-0.01150.2332-0.1086-0.07090.0090.07380.1536-0.15570.00250.28340.18350.03590.12010.00990.1428-6.31964.316524.7511
20.8155-0.14330.02260.78780.11390.750.02110.2159-0.0279-0.1179-0.01180.06050.0597-0.0695-0.00920.2520.15910.05710.13470.03660.1354-4.708865.650522.7514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1367 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2AA137 - 594137 - 594
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.286
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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