ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MADNESS | | データ収集 | ROTAVATA | | データ削減 | CCP4 | | モデル構築 | X-PLOR | 3.851 | 精密化 | MADNESS | | データ削減 | CCP4 | (AGROVATAデータスケーリング | ROTAVATA | | データスケーリング | CCP4 | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NP1 解像度: 1.5→21 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.262 | 2253 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.204 | - | - | - |
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obs | 0.204 | 22822 | 82 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.53 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.23 Å | 0.19 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→21 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1428 | 0 | 44 | 76 | 1548 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.35 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.275 | 218 | 10 % |
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Rwork | 0.28 | 2112 | - |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PROX-RAY DIFFRACTION | 2 | PARAM19X.HEMETOPH19X.HEMEX-RAY DIFFRACTION | 3 | PARAM19.SOLTOPH19.SOL | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 21 Å / σ(F): 0 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.28 |
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