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万見
- PDB-1not: THE 1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF G1 ALPHA CONOTOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1not
タイトルTHE 1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF G1 ALPHA CONOTOXIN
要素GI ALPHA CONOTOXIN
キーワードCONOTOXIN / VENOM / DISULPHIDE LOOP / ACETYLCHOLINE RECEPTOR
機能・相同性Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin GI
機能・相同性情報
生物種Conus geographus (アンボイナ)
手法X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Shan, L. / Martin, J.L. / Edmundson, A.B. / Gray, W.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Three-dimensional structure of the alpha-conotoxin GI at 1.2 A resolution
著者: Guddat, L.W. / Martin, J.L. / Shan, L. / Edmundson, A.B. / Gray, W.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Solution Structures of Alpha-Conotoxin G1 Determined by Two-Dimensional NMR Spectroscopy
著者: Pardi, A. / Galdes, A. / Florance, J. / Maniconte, D.
履歴
登録1996年5月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GI ALPHA CONOTOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4431
ポリマ－1,4431
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)14.900, 14.600, 22.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GI ALPHA CONOTOXIN


分子量: 1442.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: P01519
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 27 %
結晶化pH: 5.2 / 詳細: pH 5.2
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
145 mg/mlpeptide11
2PEG2000011

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→22 Å / Num. obs: 3597 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.0718 / Net I/σ(I): 13.64
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / % possible all: 54.9
反射
*PLUS
% possible obs: 95.8 % / Num. measured all: 24031
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROCESSデータ収集
PROCESSデータ削減
SHAKE-N-BAKEモデル構築
X-PLOR3.1精密化
PROCESSデータスケーリング
SHAKE-N-BAKE位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.2→6 Å / 交差検証法: RFREE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 306 10 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 2960 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.17 Å
Luzzati d res low-6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数97 0 0 21 118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.11
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 35 8.95 %
Rwork0.302 292 -
obs--83.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.11
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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