ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | REFMAC | 5 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic after TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.23227 | 752 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2043 | - | - | - |
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all | 0.20565 | 14548 | - | - |
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obs | 0.20565 | 14548 | 96.56 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.488 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.26 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -5.49 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 8.76 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3705 Å / Luzzati d res low obs: 15 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1538 | 0 | 0 | 41 | 1579 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.017 | 0.022 | 1574 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.603 | 1.96 | 2155 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg3.511 | 3 | 198 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg17.338 | 15 | 256 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.101 | 0.2 | 255 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.02 | 1193 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.239 | 0.3 | 557 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.157 | 0.5 | 41 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.11 | 0.3 | 12 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.077 | 0.5 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.739 | 1.5 | 1008 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.412 | 2 | 1617 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it3.001 | 3 | 566 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.624 | 4.5 | 538 | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.245 | 52 | - |
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Rwork | 0.279 | 1009 | - |
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obs | - | - | 94.9 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 2.34 | -1.8228 | 0.8742 | 11.2912 | 0.1778 | 2.6133 | 0.1232 | -0.3604 | -0.0764 | 1.0438 | 0.1122 | -0.4179 | 0.0802 | 0.0877 | -0.2354 | 0.1996 | -0.0183 | 0.0051 | 0.136 | -0.0076 | 0.0804 | 41.3745 | 49.9759 | -7.1877 | 2 | 14.4482 | -1.9822 | -1.8855 | 1.903 | 0.9363 | 5.4454 | 0.0391 | -0.3717 | 0.7945 | 0.2964 | 0.208 | -0.2497 | -0.3886 | 0.253 | -0.2471 | 0.14 | 0.0164 | 0.0723 | 0.0841 | -0.0034 | 0.1009 | 27.9094 | 64.0755 | 0.6422 | 3 | 4.2157 | 3.2341 | -0.9142 | 8.7255 | -0.1614 | 3.9409 | 0.0096 | -0.46 | 0.0839 | 0.3709 | 0.1375 | 0.1808 | -0.0788 | -0.2521 | -0.1471 | 0.0644 | 0.0381 | 0.0191 | 0.1497 | 0.0227 | 0.0203 | 8.657 | 60.0538 | 8.9245 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Label asym-ID | Auth seq-ID | Label seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | AA1 - 67 | 1 - 67 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | BB1 - 67 | 1 - 67 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | CC1 - 67 | 1 - 67 | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.2 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_d0.016 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_deg1.7 | | | |
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