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- PDB-1nnq: rubrerythrin from Pyrococcus furiosus Pfu-1210814 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nnq
タイトルrubrerythrin from Pyrococcus furiosus Pfu-1210814
要素Rubrerythrin
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / Rubrerythrin / Pyrococcus furiosus / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin ...: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Single Sheet / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Liu, Z.-J. / Tempel, W. / Schubot, F.D. / Shah, A. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Structural genomics of Pyrococcus furiosus: X-ray crystallography reveals 3D domain swapping in rubrerythrin
著者: Tempel, W. / Liu, Z.-J. / Schubot, F.D. / Shah, A. / Weinberg, M.V. / Jenney Jr., F.E. / Arendall III, W.B. / Adams, M.W. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2003年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 6 THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M. ... THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.-S.LEE, F.L. POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) UNDER THE DIRECTION OF M.W.W.ADAMS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4528
ポリマ－39,0592
非ポリマー3926
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
2
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
ヘテロ分子

A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,90316
ポリマ－78,1184
非ポリマー78512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area20400 Å2
ΔGint-484 kcal/mol
Surface area26300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.918, 105.918, 81.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Rubrerythrin


分子量: 19529.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UWP7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 8
詳細: PEG 1000, calcium acetate, imidazole, pH 8.0, modified microbatch, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropNaCl
32 mMdithiothreitol1drop
420 mMTris1droppH8.
520 %(w/v)PEG10001reservoir
6200 mMcalcium acetate1reservoir
7100 mMimidazole1reservoirpH8.
825 mM1reservoirK2PtCl4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97243 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月13日
放射モノクロメーター: Si channel 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97243 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 19759 / Num. obs: 19657 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 36.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 311097 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.369

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 5.857 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25252 1004 5.1 %RANDOM
Rwork0.21117 ---
obs0.21329 18575 99.4 %-
all-19759 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å20 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3---2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→74.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2614 0 6 12 2632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.9483613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2595338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0370.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0670.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.68121689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.78432687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0852987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0873926
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.414 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 76
Rwork0.229 1306
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2362-4.44843.80565.4978-3.53554.67420.01470.0280.10720.00660.05580.1208-0.0985-0.1333-0.07040.0682-0.05210.02230.0428-0.01910.052990.35151.81513.718
27.85773.3532-5.93461.0267-2.52816.87830.0444-0.42390.0452-0.00690.03520.05020.10590.2092-0.07960.1410.05770.01580.1165-0.0090.067996.44865.57726.098
34.9492.5308-5.97452.884-3.99339.89390.0854-0.20990.14940.14250.02990.1032-0.12830.0067-0.11540.12270.07810.00820.1147-0.01170.151690.29170.26324.794
411.1273.81-6.5273.1522-2.48085.6522-0.0691-0.129-0.1107-0.01950.04090.10570.17690.07310.02810.11210.0395-0.03150.02510.00390.02992.02358.78719.482
53.470.2767-4.84310.6155-0.697911.3372-0.0368-0.03830.21890.01930.22130.18540.3163-0.2977-0.18460.11550.04590.01920.05850.03910.096984.48963.5919.356
62.6732-1.85452.01921.021-1.37643.06660.21430.3418-0.1085-0.1208-0.1710.17910.02040.1015-0.04340.1422-0.0358-0.03080.1674-0.020.07893.1543.5127.67
71.4421-2.09752.67164.1966-4.63488.66370.19110.3619-0.106-0.3785-0.15290.16340.37360.0903-0.03820.1026-0.0809-0.02570.1975-0.00710.21385.63841.298.288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3A100 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 36
5X-RAY DIFFRACTION5B38 - 63
6X-RAY DIFFRACTION6B68 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7B100 - 130
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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