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- PDB-1nje: THYMIDYLATE SYNTHASE WITH 2'-DEOXYCYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DCMP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nje
タイトルTHYMIDYLATE SYNTHASE WITH 2'-DEOXYCYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DCMP)
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) / TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Finer-Moore, J. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Partitioning roles of side chains in affinity, orientation, and catalysis with structures for mutant complexes: asparagine-229 in thymidylate synthase.
著者: Finer-Moore, J.S. / Liu, L. / Schafmeister, C.E. / Birdsall, D.L. / Mau, T. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Faseb J. / 年: 1993
タイトル: Stereochemistry of a Multistep/Bipartite Methyl Transfer Reaction: Thymidylate Synthase
著者: Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structures of Substrate-Bound and Phosphate-Bound Thymidylate Synthase from Lactobacillus Casei
著者: Finer-Moore, J. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Exclusion of 2'-Deoxycytidine 5'-Monophosphate by Asparagine 229 of Thymidylate Synthase
著者: Liu, L. / Santi, D.V.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Mutation of Asparagine 229 to Aspartate in Thymidylate Synthase Converts the Enzyme to a Deoxycytidylate Methylase
著者: Liu, L. / Santi, D.V.
履歴
登録1996年1月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9382
ポリマ－36,6301
非ポリマー3071
水82946
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8754
ポリマ－73,2612
非ポリマー6142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
Buried area5840 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.500, 78.500, 242.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-332-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量: 36630.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
解説: PURCHASED FROM SIGMA / プラスミド: PKPTSD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): STRAIN CHI-2913 (WHICH LACKS A THYMIDYLATE SYNTHASE GENE)
参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


分子量: 307.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.5-6.0 mg/mlprotein1drop
22-20 mMdCMP1drop
340 mMpotassium phosphate1drop
41 mMDTT1drop
51-2 %satammonium sulfate1drop
640 mMphosphate1reservoir
7DTT1reservoir
8EDTA1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月29日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14073 / % possible obs: 67 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 39357 / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.213 --
obs0.213 13219 67 %
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 20 46 2659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM11.DNATOPH11.DNA
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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