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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nj5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Methanothermobacter thermautotrophicus bound to proline sulfamoyl adenylate | ||||||
要素 | Proline-tRNA Synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE / Protein-Aminoacyladenylate Complex Class-II tRNA synthetase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kamtekar, S. / Kennedy, W.D. / Wang, J. / Stathopoulos, C. / Soll, D. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: The structural basis of cysteine aminoacylation of tRNAPro by prolyl-tRNA synthetases 著者: Kamtekar, S. / Kennedy, W.D. / Wang, J. / Stathopoulos, C. / Soll, D. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nj5.cif.gz | 111.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nj5.ent.gz | 83.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nj5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nj5_validation.pdf.gz | 797.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nj5_full_validation.pdf.gz | 808 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nj5_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nj5_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/1nj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/1nj5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed by a twofold rotation. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58170.258 Da / 分子数: 1 / 断片: N terminally His Tagged Enzyme / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 株: Delta H 解説: Strain supplemented with additional plasmid encoding rare tRNAs 遺伝子: MTH611 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 RecA- / 参照: UniProt: O26708, proline-tRNA ligase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-P5A / ' |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris, Beta-Mercaptoethanol, MgCl2,NaCl, Proline sulfamoyl adenylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 12-25 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月19日 |
放射 | モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 25292 / Num. obs: 25241 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 70.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 24.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 99.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Methanocaldococcus janaschii Proline tRNA Synthetase 解像度: 2.8→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.9566 Å2 / ksol: 0.31136 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.44 Å / Luzzati sigma a free: 0.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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