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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ngo | ||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Structure of Putative 3' Terminator for B. Anthracis pagA Gene Coding Strand | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / B-Form DNA Hairpin | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / minimization molecular dynamics | Model type details | minimized average | データ登録者 | Shiflett, P.R. / Taylor-McCabe, K.J. / Michalczyk, R. / Silks, L.A. / Gupta, G. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 | タイトル: Structural Studies on the Hairpins at the 3' Untranslated Region of an Anthrax Toxin Gene 著者: Shiflett, P.R. / Taylor-McCabe, K.J. / Michalczyk, R. / Silks, L.A. / Gupta, G. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ngo.cif.gz | 75.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ngo.ent.gz | 60.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ngo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ngo_validation.pdf.gz | 310 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ngo_full_validation.pdf.gz | 320.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ngo_validation.xml.gz | 2.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ngo_validation.cif.gz | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 8363.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs on the coding strand of the 3' UTR of the pagA (110) gene of Bacillus anthracis. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: minimization molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: Structure is derived from 191 NOES of which, 25 involve exchangeable protons in the stem, 153 NOEs involve non-exchangeable protons in the stem, 13 NOEs involve non-exchangeable protons in ...詳細: Structure is derived from 191 NOES of which, 25 involve exchangeable protons in the stem, 153 NOEs involve non-exchangeable protons in the stem, 13 NOEs involve non-exchangeable protons in the loop, 50 Distance restraints involve hydrogen bonds, and 44 dihedral angle restraints. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: Submitted conformers include average from molecular dynamics and 3 representative diverging structures. 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 4 |