PDB-1ngk: Crystallographic Structure of Mycobacterium tuberculosis Hemoglobin O

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ngk

タイトル

Crystallographic Structure of Mycobacterium tuberculosis Hemoglobin O

要素

Hemoglobin-like protein HbO

キーワード

OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / TRUNCATED HEMOGLOBIN / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Milani, M. / Savard, P.-Y. / Oullet, H. / Ascenzi, P. / Guertin, M. / Bolognesi, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: A TyrCD1/TrpG8 hydrogen bond network and a TyrB10-TyrCD1 covalent link shape the heme distal site of Mycobacterium tuberculosis hemoglobin O
著者: Milani, M. / Savard, P.-Y. / Oullet, H. / Ascenzi, P. / Guertin, M. / Bolognesi, M.

履歴

登録	2002年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ngk.cif.gz	372.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ngk.ent.gz	315.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ngk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/1ngk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qrw-d 6kuk-d 6kup-d 6kuj-d 9581 6kuu-d 9578 6kur-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Hemoglobin-like protein HbO

B: Hemoglobin-like protein HbO

C: Hemoglobin-like protein HbO

D: Hemoglobin-like protein HbO

E: Hemoglobin-like protein HbO

F: Hemoglobin-like protein HbO

G: Hemoglobin-like protein HbO

H: Hemoglobin-like protein HbO

I: Hemoglobin-like protein HbO

J: Hemoglobin-like protein HbO

K: Hemoglobin-like protein HbO

L: Hemoglobin-like protein HbO

ヘテロ分子

189 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.034, 187.034, 274.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Hemoglobin-like protein HbO 分子量: 14971.860 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A595, UniProt: P9WN23*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.38 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: ammonium sulphate, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	13.5 mg/ml	protein	1	drop
2	2.15 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.001 M		1	reservoir	KCN
4	0.05 M	phosphate	1	reservoir		pH7.25

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	EMBL/DESY, Hamburg	BW7B	1	0.84
シンクロトロン	ESRF	ID29	2		1.7387
シンクロトロン	ESRF	ID29	3		1.7404
シンクロトロン	ESRF	ID29	4		0.9801

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR scanner 345 mm plate	1	IMAGE PLATE	2001年8月7日
MARRESEARCH	2	CCD	2002年2月21日
MARRESEARCH	3	CCD	2002年2月21日
MARRESEARCH	4	CCD	2002年2月21日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Triangular monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	channel - cut Si monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.84	1
2	1.7387	1
3	1.7404	1
4	0.9801	1

反射

解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 131238 / Num. obs: 131238 / % possible obs: 99.67 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.5

反射

*PLUS

最低解像度: 30 Å / Num. obs: 138692 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11 % / Num. measured all: 1533455

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.11→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22586	6934	5 %	RANDOM
R_work	0.18567	-	-	-
all	0.18768	131238	-	-
obs	0.18768	131238	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.363 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12856	0	630	1618	15104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	13599
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	2.066	18590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.565	5	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.07	2.5	7796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.985	4	12457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.531	4.5	5803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.608	6	6133
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	508
R_work	0.219	9483

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.226 / R_factor R_work: 0.186

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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