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万見
- PDB-1nep: Crystal Structure Analysis of the Bovine NPC2 (Niemann-Pick C2) P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nep
タイトルCrystal Structure Analysis of the Bovine NPC2 (Niemann-Pick C2) Protein
要素Epididymal secretory protein E1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / NPC2 / bNPC2 / Niemann-Pick C2 / LDL / cholesterol
機能・相同性
機能・相同性情報


LDL clearance / cholesterol storage / intracellular cholesterol transport / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / cholesterol efflux / Neutrophil degranulation / cholesterol binding / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis ...LDL clearance / cholesterol storage / intracellular cholesterol transport / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / cholesterol efflux / Neutrophil degranulation / cholesterol binding / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / response to virus / gene expression / lysosome / enzyme binding / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Npc2 like, ML domain / Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / NPC intracellular cholesterol transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Friedland, N. / Liou, H.-L. / Lobel, P. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structure of a Cholesterol-binding Protein Deficient in Niemann-Pick Type C2 Disease
著者: Friedland, N. / Liou, H.-L. / Lobel, P. / Stock, A.M.
履歴
登録2002年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epididymal secretory protein E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9493
ポリマ－14,6331
非ポリマー3162
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.157, 100.157, 100.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-292-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Epididymal secretory protein E1 / EPV20 / bNPC2


分子量: 14632.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P79345
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris, Ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.95 Mammonium phosphate1reservoir
2100 mMTris1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.06287 Å
検出器日付: 2002年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06287 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→19.64 Å / Num. obs: 32967 / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 18534 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 195458 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.169

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2123 901 4.9 %RANDOM
Rwork0.1945 ---
obs0.1945 18475 99.7 %-
all-18534 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9511 Å2 / ksol: 0.420042 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1026 0 19 101 1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.741.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.122.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 148 4.9 %
Rwork0.197 2892 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMNAG_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3PO4.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4NAG_XPLOR_PAR.TXT
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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