PDB-1ne3: Solution structure of ribosomal protein S28E from Methanobacteriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ne3

タイトル

Solution structure of ribosomal protein S28E from Methanobacterium Thermoautotrophicum. Ontario Centre for Structural Proteomics target MTH0256_1_68; Northeast Structural Genomics Target TT744

要素

30S ribosomal protein S28E

キーワード

RIBOSOME / Beta protein / structural genomics / OCSP / NESG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Wu, B. / Pineda-Lucena, A. / Yee, A. / Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Kennedy, M. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of ribosomal protein S28E from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Wu, B. / Yee, A. / Pineda-Lucena, A. / Semesi, A. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Jung, J.W. / Edwards, A. / Lee, W. / Kennedy, M. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2002年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ne3.cif.gz	426.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ne3.ent.gz	356.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ne3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ne3_validation.pdf.gz	343.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ne3_full_validation.pdf.gz	500.7 KB	表示
XML形式データ	1ne3_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	1ne3_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1ne3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1ne3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1x4w-d 2cue-d 1wg2-d 2yuq-d 2dar-d 2da3-d 1vcs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TT744

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 30S ribosomal protein S28E

7.68 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy,target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	30S ribosomal protein S28E 分子量: 7679.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌) プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O26356

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM mth0256, U-15N,13C; 450 mM Nacl, 25 mM Na2PO4, 1mM Benzamidine, 1x inhibitor cooktail, 0.01% NaN3, 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 450 mM NaCl, 25 mM Phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	1.0.5	Gunter, P.	構造決定
CYANA	1.0.5	Gunter, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 1055 NOE-derived distance constraints, 132 angle constraints (PHI, PSI and CHI)

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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