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- PDB-1ne2: Crystal Structure of Thermoplasma acidophilum 1320 (APC5513) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ne2
タイトルCrystal Structure of Thermoplasma acidophilum 1320 (APC5513)
要素hypothetical protein ta1320
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Conserved Hypothetical Protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / autoSHARP / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Xu, X. / Christendat, D. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thermoplasma acidophilum 1320 (APC5513)
著者: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Xu, X. / Christendat, D.
履歴
登録2002年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN BUT APPEARS TO BE A DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein ta1320
B: hypothetical protein ta1320
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4103
ポリマ－45,3642
非ポリマー461
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.086, 53.359, 149.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細unknown but it appears a dimer.

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein ta1320


分子量: 22681.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: Ta1320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HIL9
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: sodium acetate, PEG 4000, Glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97905, 0.97924, 0.9372
シンクロトロンAPS 19-ID20.97932
検出器
タイプID検出器日付詳細
SBC-21CCD2002年9月1日mirror
SBC-22CCD2002年2月12日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorMADMx-ray1
2double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979051
20.979241
30.93721
40.979321
反射解像度: 1.75→40.47 Å / Num. all: 40030 / Num. obs: 40030 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3918 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
autoSHARP位相決定
CNS1精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: autoSHARP / 解像度: 1.75→40.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 3710 10.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.212 36801 --
obs0.209 36801 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.279 Å2 / ksol: 0.37745 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.48 Å20 Å20 Å2
2--10.64 Å20 Å2
3----5.16 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.23 Å / Luzzati sigma a free: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 0 0 253 3090
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.572.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 851 10.5 %
Rwork0.254 4884 -
obs-7889 83.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3FMT.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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