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- PDB-1ndr: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ndr
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS
要素NITRITE REDUCTASE
キーワードREDUCTASE / BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE / COPPER PROTEIN / NITRITE REDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dodd, F.E. / Hasnain, S.S. / Abraham, Z.H.L. / Eady, R.R. / Smith, B.E.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Structures of a blue-copper nitrite reductase and its substrate-bound complex.
著者: Dodd, F.E. / Hasnain, S.S. / Abraham, Z.H. / Eady, R.R. / Smith, B.E.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1993
タイトル: Purification and Characterization of the Dissimilatory Nitrite Reductase from Alcaligenes Xylosoxidans Subsp. Xylosoxidans (N.C.I.M.B. 11015): Evidence for the Presence of Both Type 1 ...タイトル: Purification and Characterization of the Dissimilatory Nitrite Reductase from Alcaligenes Xylosoxidans Subsp. Xylosoxidans (N.C.I.M.B. 11015): Evidence for the Presence of Both Type 1 and Type 2 Copper Centers
著者: Abraham, Z.H. / Lowe, D.J. / Smith, B.E.
履歴
登録1997年1月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRITE REDUCTASE
B: NITRITE REDUCTASE
C: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7069
ポリマ－103,3253
非ポリマー3816
水543
1
A: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5693
ポリマ－34,4421
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5693
ポリマ－34,4421
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5693
ポリマ－34,4421
非ポリマー1272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.150, 101.720, 150.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.85139, -0.32225, -0.413872), (0.218338, -0.4997, 0.838229), (-0.476931, -0.804024, -0.35508)27.01013, 36.2076, 78.01798
2given(0.855013, 0.211982, -0.473304), (-0.323229, -0.495876, -0.805997), (-0.405557, 0.842123, -0.355461)6.36777, 89.45462, 8.22149

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要素

#1: タンパク質 NITRITE REDUCTASE / NIR


分子量: 34441.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BACTERIAL
由来: (天然) Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
株: NCIMB 11015 / 参照: UniProt: P81445, EC: 1.7.99.3
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: MODEL USED WITHOUT WATERS
結晶化温度: 277 K / pH: 4.6
詳細: 28% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 4 DEGREES C, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
128 %PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir
428 %PEG40001drop
50.1 Msodium acetate1drop
60.2 Mammonium acetate1drop
710 mg/mlAxNiR1drop
820 mMMES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 286 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.92
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月16日 / 詳細: BENT FUSED QUARTZ MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→60.5 Å / Num. obs: 16691 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 57.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 53045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NITRITE REDUCTASE PDB CODE 1AFN

1afn
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
詳細: THIS IS AN ALPHA CARBON ENTRY. THE SIDE CHAINS FOR HIS 95 HIS 100, HIS 135, CYS 136, HIS 145, HIS 306 AND ONE SOLVENT MOLECULE, HOH 503 WHICH ARE INVOLVED IN COPPER COORDINATION ARE ALSO ...詳細: THIS IS AN ALPHA CARBON ENTRY. THE SIDE CHAINS FOR HIS 95 HIS 100, HIS 135, CYS 136, HIS 145, HIS 306 AND ONE SOLVENT MOLECULE, HOH 503 WHICH ARE INVOLVED IN COPPER COORDINATION ARE ALSO INCLUDED. SIDE CHAINS FOR MET 150 ARE ALSO INCLUDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1066 6.5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 16691 75.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7278 0 6 3 7287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 --
Rwork0.276 1192 -
obs--51.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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