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- PDB-1nca: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE INFLUENZA VIRUS N9 NEURAMINIDASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nca
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE INFLUENZA VIRUS N9 NEURAMINIDASE-NC41 FAB COMPLEX
要素
  • (IGG2A-KAPPA NC41 FAB ...) x 2
  • INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
キーワードHYDROLASE(O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity ...positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / endosome to lysosome transport / positive regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / complement activation, classical pathway / antigen binding / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / carbohydrate metabolic process / blood microparticle / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Colman, P.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined crystal structure of the influenza virus N9 neuraminidase-NC41 Fab complex.
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal Structures of Two Mutant Neuraminidase-Antibody Complexes with Amino Acid Substitutions in the Interface
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Webster, R.G. / Laver, W.G. / Colman, P.M.
#2: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structures of Neuraminidase-Antibody Complexes
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Webster, R.G. / Air, G.M. / Laver, W.G. / Colman, P.M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Complex of Antibody with Influenza Virus Neuraminidase
著者: Colman, P.M. / Laver, W.G. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Tulloch, P.A. / Air, G.M. / Webster, R.G.
履歴
登録1992年1月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7417
ポリマ－91,1863
非ポリマー1,5554
水1,29772
1
N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,96428
ポリマ－364,74212
非ポリマー6,22216
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
2
N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

N: INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE
L: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)647,03952
ポリマ－634,59520
非ポリマー12,44432
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation5_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
crystal symmetry operation6_557x+1/2,-y+1/2,-z+21
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
crystal symmetry operation8_657-y+1,-x,-z+21
Buried area42910 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area120040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.000, 167.000, 124.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Atom site foot note1: RESIDUES PRO N 326, PRO N 431, PRO L 8, PRO L 95, PRO L 141, PRO H 149, PRO H 151 AND PRO H 200 ARE CIS PROLINES.
2: THE COORDINATES OF THE CALCIUM ATOM ARE NOT WELL DETERMINED. THE REFERENCE STRUCTURE FOR THE CALCIUM ATOM IS THE N9 MUTANT S370L (PDB ENTRY 2NN9).
詳細THE COORDINATES OF THE CARBOHYDRATE IN THE EPITOPE CAN BE GENERATED FORM THE COORDINATES OF RESIDUES C 200A-C 200F BY APPLYING THE FOLLOWING TRANSFORMATION: 0.0 1.0 0.0 83.5 -1.0 0.0 0.0 83.5 0.0 0.0 1.0 0.0

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 N

#1: タンパク質 INFLUENZA A SUBTYPE N9 NEURAMINIDASE


分子量: 43836.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 株: (A/tern/Australia/G70C/1975(H11N9)) / 参照: UniProt: P03472, exo-alpha-sialidase

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 IGG2A-KAPPA NC41 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23722.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: EMBL: Y11589
#3: 抗体 IGG2A-KAPPA NC41 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23626.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01865

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 73分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.04 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.7 M / 一般名: potassium phosphate

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å
詳細: THE COORDINATES OF THE CALCIUM ATOM ARE NOT WELL DETERMINED. THE REFERENCE STRUCTURE FOR THE CALCIUM ATOM IS THE N9 MUTANT S370L (PDB ENTRY 2NN9).
Rfactor反射数
Rwork0.191 -
obs0.191 31846
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6404 0 101 72 6577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 31846 / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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