PDB-1nb1: High resolution solution structure of kalata B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nb1

タイトル

High resolution solution structure of kalata B1

要素

kalata B1

キーワード

ANTIBIOTIC / cyclotide / cyclic backbone / cystine knot / CCK / insecticidal

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / Kalata-B1

機能・相同性情報

生物種

Oldenlandia affinis (植物)

手法

溶液NMR / Structures were calculated using torsion angle dynamics, refined in explicit solvent using cartesian dynamics, powell restrained minimisation.

データ登録者

Rosengren, K.J. / Daly, N.L. / Plan, M.R. / Waine, C. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Twists, Knots, and Rings in Proteins. STRUCTURAL DEFINITION OF THE CYCLOTIDE FRAMEWORK
著者: Rosengren, K.J. / Daly, N.L. / Plan, M.R. / Waine, C. / Craik, D.J.

履歴

登録	2002年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nb1.cif.gz	129 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nb1.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nb1_validation.pdf.gz	335.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nb1_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	1nb1_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	1nb1_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/1nb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nbjC 1kal C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jue-d 4ttm-2 1pt4-d 4ttn-1 1kal-d 4tto-1 2k7g-d 2lam-d 2kvx-d 4ttm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: kalata B1

2.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	kalata B1 分子量: 2917.345 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-29 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oldenlandia affinis (植物) / 参照: UniProt: P56254
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	2	2D TOCSY
1	4	1	2D NOESY
1	5	2	2D NOESY
1	6	2	E-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D NMR techniques

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	5mM of peptide in 0.5ml	90% H2O/10% D2O
2	5mM of peptide in 0.5ml	100% D2O

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 6.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	1
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
XEASY	1.3.7	Eccles C., Guntert P., Billeter M. and Wuthrich K.	データ解析
DYANA	1.5	Guntert P., Mumenthaler C. and Wuthrich K.	構造決定
CNS	1	Brunger A.T., Adams P.D., Clore G.M., DeLano W.L., Gros P., Grosse-Kunstleve R.W., Jiang J.S., Kuszewski J., Nilges M., Pannu N.S., Read R.J., Rice L.M., Simonson T. and Warren G.L.	精密化

精密化

手法: Structures were calculated using torsion angle dynamics, refined in explicit solvent using cartesian dynamics, powell restrained minimisation.
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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