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万見
- PDB-1nap: THE CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN NEUTROPHIL-ACTIVATING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nap
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN NEUTROPHIL-ACTIVATING PEPTIDE-2 (M6L) AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION
要素NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / CXCR chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of cell division / neutrophil chemotaxis / platelet alpha granule lumen / growth factor activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide ...D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / CXCR chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of cell division / neutrophil chemotaxis / platelet alpha granule lumen / growth factor activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / defense response to bacterium / inflammatory response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet basic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malkowski, M.G. / Edwards, B.F.P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of recombinant human neutrophil-activating peptide-2 (M6L) at 1.9-A resolution.
著者: Malkowski, M.G. / Wu, J.Y. / Lazar, J.B. / Johnson, P.H. / Edwards, B.F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Three Dimensional Structure of Bovine Platelet Factor 4 at 3.0 Angstroms Resolution
著者: Charles, R.St. / Walz, D.A. / Edwards, B.F.P.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Interleukin 8: Symbiosis of NMR and Crystallography
著者: Baldwin, E.T. / Weber, I.T. / Charles, R.St. / Xuan, J.C. / Appella, E. / Yamada, M. / Matsushima, K. / Edwards, B.F.P. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Wlodawer, A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Three Dimensional Structure of Interleukin 8 in Solution
著者: Clore, G.M. / Appella, E. / Yamada, M. / Matsushima, K. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1994年12月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2
B: NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2
C: NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2
D: NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4964
ポリマ－30,4964
非ポリマー00
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.770, 43.810, 44.650
Angle α, β, γ (deg.)98.37, 120.28, 92.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2 / NAP-2


分子量: 7623.935 Da / 分子数: 4 / 変異: M26L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PBR-CRM-CTAP-MET20,LEU26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02775
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE NUMBERING SCHEME FOR NAP-2 FOLLOWS HOMOLOGY ALIGNMENT WITH THE FIRST PAIR OF CYSTEINE RESIDUES ...THE NUMBERING SCHEME FOR NAP-2 FOLLOWS HOMOLOGY ALIGNMENT WITH THE FIRST PAIR OF CYSTEINE RESIDUES IN BOVINE PLATELET FACTOR FOUR. THE NUMBERING SCHEME IS SEQUENTIAL BEGINNING WITH RESIDUE 21 AND ENDING WITH RESIDUE 90. SEE FIGURE 1 IN THE JRNL REFERENCE LISTED ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117 mg/mlprotein 1drop
228 %PEG40001reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoir
4200 mMammonium acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. obs: 17830 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 30511 / Rmerge(I) obs: 0.025
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 47 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
GPRLSA精密化
X-PLOR精密化
X-PLORモデル構築
FRODOモデル構築
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→7 Å
詳細: THE MUTATION M26L IS DESCRIBED AS M6L IN THE JRNL REFERENCE.
Rfactor反射数
Rfree0.23 -
Rwork0.202 -
obs0.202 17475
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1989 0 0 265 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.038
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.041
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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