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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1na7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic subunit of human protein kinase CK2 | ||||||
![]() | Casein kinase II, alpha chain | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CK2 / protein kinase / microcrystals / thin-film nanotechnology / microfocus ESRF | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / rhythmic process / kinase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pechkova, E. / Zanotti, G. / Nicolini, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional atomic structure of a catalytic subunit mutant of human protein kinase CK2. 著者: Pechkova, E. / Zanotti, G. / Nicolini, C. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the catalytic subunit of protein kinase CK2 from Zea mays at 2.1 A resolution 著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Pinna, L.A. / Issinger, O.-G. / Schomburg, D. #2: ![]() タイトル: Structural features underlying selective inhibition of protein kinase CK2 by ATP site-directed tetrabromo-2-benzotriazole 著者: Battistutta, R. / De Moliner, E. / Sarno, S. / Zanotti, G. / Pinna, L.A. #3: ![]() タイトル: Accelerated protein crystal growth by protein thin film template 著者: Pechkova, E. / Nicolini, C. #4: ![]() タイトル: Protein nucleation and crystallization by homologous protein thin film template 著者: Pechkova, E. / Nicolini, C. #5: ![]() タイトル: From art to science in protein crystallization by means of thin-film technology 著者: Pechkova, E. / Nicolini, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1m2rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39333.895 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic subunit / 変異: E27A, K76N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: lb modified hanging drop method / pH: 8 詳細: PEG 3500, NaAC, Tris, pH 8, LB Modified hanging drop method, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月10日 / 詳細: microfocus |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9755 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.21 Å / Num. all: 12457 / Num. obs: 12457 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1817 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 29 Å / % possible obs: 99 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 1817 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1M2R 解像度: 2.4→29.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.8231 Å2 / ksol: 0.360107 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.38 Å / Luzzati sigma a free: 0.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 29 Å / Num. reflection obs: 12457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.53 Å / Rfactor Rfree: 0.03 / Num. reflection Rwork: 1817 |