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- PDB-1n8r: Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8r
タイトルStructure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin M
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Acidic ribosomal protein P0 homolog
キーワードRibosome/Antibiotic / ribosome-antibiotic complex / virginiamycin M / streptogramin / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain / Ribosomal protein L39 / N-terminal domain of TfIIb - #30 / Ribosomal protein L21 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #80 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 - #10 / 3-methyladenine DNA Glycosylase II; Chain A, domain 3 ...Single Heli x bin / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A - #60 / Ribosomal protein L30/L7, central domain / Ribosomal protein L39 / N-terminal domain of TfIIb - #30 / Ribosomal protein L21 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #80 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 / Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 - #10 / 3-methyladenine DNA Glycosylase II; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein L31e; Chain: W; / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3; domain 3 / Ribosomal protein L3, domain 3 / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, / Ribosomal Protein L3; Chain: B; domain 2, - #10 / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 - #10 / Helix Hairpins - #310 / Ribosomal Protein L4; Chain: A; / Ribosomal protein L4/L1 / 50S ribosomal protein L10, archaea / 50s Ribosomal Protein L19e, Chain O, domain 1 / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15 / Ribosomal Protein L13p; Chain: A; / Ribosomal protein L13 / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Ribosomal protein L2; domain 3 / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 - #10 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / : / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / : / N-terminal domain of TfIIb / Helix-hairpin-helix domain / Translation factors / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L2, archaeal-type / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L23 / : / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / metallochaperone-like domain / TRASH domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / VIRGINIAMYCIN M1 / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 ...: / : / VIRGINIAMYCIN M1 / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL43
類似検索 - 構成要素
生物種Haloarcula marismortui (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hansen, J.L. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
著者: Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis
著者: Nissen, P. / Hansen, J. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
履歴
登録2002年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2P
D: 50S ribosomal protein L3P
E: 50S ribosomal protein L4E
F: 50S ribosomal protein L5P
G: 50S ribosomal protein L6P
H: 50S ribosomal protein L7Ae
I: Acidic ribosomal protein P0 homolog
J: 50S ribosomal protein L10e
K: 50S ribosomal protein L13P
L: 50S ribosomal protein L14P
M: 50S ribosomal protein L15P
N: 50S ribosomal protein L15E
O: 50S ribosomal protein L18P
P: 50S ribosomal protein L18E
Q: 50S ribosomal protein L19E
R: 50S ribosomal protein L21e
S: 50S ribosomal protein L22P
T: 50S ribosomal protein L23P
U: 50S ribosomal protein L24P
V: 50S ribosomal protein L24E
W: 50S ribosomal protein L29P
X: 50S ribosomal protein L30P
Y: 50S ribosomal protein L31E
Z: 50S ribosomal protein L32E
1: 50S ribosomal protein L37AE
2: 50S ribosomal protein L37e
3: 50S ribosomal protein L39e
4: 50S ribosomal protein L44E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,458,642262
ポリマ－1,451,91430
非ポリマー6,728232
水141,9947882
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.902, 300.474, 575.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2P / Hmal2 / HL4


分子量: 25237.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P20276
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3P / Hmal3 / HL1


分子量: 37265.195 Da / 分子数: 1 / Mutation: R310P, 311F insertion / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P20279
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4E / Hmal4 / HL6


分子量: 26442.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12735
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5P / Hmal5 / HL13


分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14124
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6P / Hmal6 / HL10


分子量: 19830.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14135
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / HS6


分子量: 12600.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12743
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L10e


分子量: 18022.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60617*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13P / Hmal13


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P29198
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14P / Hmal14 / HL27


分子量: 14216.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P22450
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15P / Hmal15 / HL9


分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12737
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15E


分子量: 22856.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60618*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18P / Hmal18 / HL12


分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14123
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18E / HL29 / L19


分子量: 12307.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12733
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19E / Hmal19 / HL24


分子量: 16631.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14119
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L21e / HL31


分子量: 10436.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12734
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L22P / Hmal22 / HL23


分子量: 16835.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10970
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L23P / Hmal23 / HL25 / L21


分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12732
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24P / Hmal24 / HL16 / HL15


分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10972
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24E / HL21/HL22


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14116
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29P / Hmal29 / HL33


分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P10971
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30P / Hmal30 / HL20 / HL16


分子量: 17062.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P14121
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L31E / L34 / HL30


分子量: 10253.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P18138
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L32E / HL5


分子量: 26324.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P12736
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L37AE


分子量: 8097.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P60619*PLUS
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L37e / L35e


分子量: 6199.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P32410
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L39e / HL39e / HL46e


分子量: 5844.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P22452
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L44E / LA / HLA


分子量: 10815.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P32411

-
タンパク質 , 1種, 1分子 I

#9: タンパク質 Acidic ribosomal protein P0 homolog / L10E / HMaL10


分子量: 37213.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cultured cells / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P15825

-
非ポリマー , 7種, 8114分子

#31: 化合物 ChemComp-VIR / VIRGINIAMYCIN M1


分子量: 525.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N3O7 / コメント: 抗生剤*YM
#32: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#33: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#34: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#35: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#36: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#37: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1.2M KCl, 0.5M (NH4)Cl, 30mM MgCl2, 8% PEG, pH 5.80, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2NH4Cl11
3MgCl211
4PEG 600011
5KCl12
6NH4Cl12
7MgCl212
8PEG 600012
結晶化
*PLUS
pH: 7.1 / 手法: back-extraction, 蒸気拡散法 / 詳細: Ban, N., (2000) Science, 289, 905.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.2 M1reservoirKCl
20.5 M1reservoirNH4Cl
3100 mMpotassium acetate1reservoir
430 mM1reservoirMgCl2
57 %PEG60001reservoir
615 mMTris1reservoir
715 mMMES1reservoir
81 mM1reservoirCdCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 344322 / Num. obs: 339727 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 16729 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 97.7
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 37.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JJ2

1jj2


解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 3203 1 %same reflections as 1JJ2
Rwork0.201 ---
obs0.2011 327972 94.6 %-
all-346861 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.7669 Å2 / ksol: 0.329291 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.14 Å20 Å20 Å2
2--1.7 Å20 Å2
3----6.84 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.4 Å / Luzzati sigma a free: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28801 61617 269 7882 98569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.022.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 131 1 %
Rwork0.338 13488 -
obs--37.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1RNA.PARRNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROT.PARPROT.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Rfactor obs: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg15.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.57
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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