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- PDB-1n7u: THE RECEPTOR-BINDING PROTEIN P2 OF BACTERIOPHAGE PRD1: CRYSTAL FORM I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n7u
タイトルTHE RECEPTOR-BINDING PROTEIN P2 OF BACTERIOPHAGE PRD1: CRYSTAL FORM I
要素Adsorption protein P2
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage PRD1 / viral receptor-binding / beta-propeller / proline-rich / antibiotic-resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
receptor-binding protein prd1-p2, domain 3 / receptor-binding protein prd1-p2, domain 3 / Bacteriophage PRD1, P2, absorption protein / Bacteriophage PRD1, P2, C-terminal / Bacteriophage PRD1, P2, N-terminal / Bacteriophage PRD1, P2, absorption protein superfamily / Bacteriophage Prd1, adsorption protein P2 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Adsorption protein P2
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Xu, L. / Benson, S.D. / Butcher, S.J. / Bamford, D.H. / Burnett, R.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The Receptor Binding Protein P2 of PRD1, a Virus Targeting Antibiotic-Resistant Bacteria, Has a Novel Fold Suggesting Multiple Functions.
著者: Xu, L. / Benson, S.D. / Butcher, S.J. / Bamford, D.H. / Burnett, R.M.
#1: ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of receptor-binding protein P2 of bacteriopahge PRD1
著者: Xu, L. / Butcher, S.J. / Benson, S.D. / Bamford, D.H. / Burnett, R.M.
#2: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1999
タイトル: Stable packing of phage PRD1 DNA requires adsorption protein P2, which binds to the IncP plasmid-encoded conjugative transfer complex
著者: Grahn, A.M. / Caldentey, J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H.
#3: ジャーナル: Adv.Virus Res. / 年: 1995
タイトル: Bacteriophage PRD1: a broad host range dsDNA tectivirus with an internal membrane
著者: Bamford, D.H. / Caldentey, J. / Bamford, J.K.H.
#4: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Viral evolution revealed by bacteriophage PRD1 and human adenovirus coat protein structures
著者: Benson, S.D. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Burnett, R.M.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Bacteriophage PRD1 contains a labile receptor-binding structure at each vertex
著者: Rydman, P.S. / Caldentey, J. / Butcher, S.J. / Fuller, S.D. / Rutten, T. / Bamford, D.H.
#6: ジャーナル: Thesis / 年: 2002
タイトル: A tale of two viruses with therapeutic potential: Structural studies on CELO, an avian adenovirus and the bacteriophage PRD1
著者: Xu, L.
履歴
登録2002年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 351 The biomolecule is most probably a monomer. Nevertheless, it is notable that the same dimer ... The biomolecule is most probably a monomer. Nevertheless, it is notable that the same dimer appears in the two crystal forms (1N7U and 1N7V). Although the buried surface per subunit in the dimer is ~1,206 A**2, which is relatively substantial, it only represents ~5.5% of the surface area of the P2 monomer. Rate zonal centrifugation, gel filtration, cross-linking, sedimentation equilibrium and low angle X-ray scattering strongly suggest that P2 is a monomer in solution. Furthermore, dynamic light scattering measurements indicated a monodisperse solution with an apparent molecular weight of 79 kDa, which is in reasonable agreement with that for the monomer (63.9 kDa). Nevertheless, P2 may form a loosely associated dimer when bound to the virion.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adsorption protein P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0465
ポリマ－59,8281
非ポリマー2174
水4,125229
1
A: Adsorption protein P2
ヘテロ分子

A: Adsorption protein P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,09110
ポリマ－119,6572
非ポリマー4348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.200, 46.500, 136.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
詳細Biochemical evidence (gel filtration, low angle X-ray scattering, rate-zonal ultracentrifugation, and dynamic light scattering) indicate that P2 is monomeric, but a potential dimer appears in 3 crystal with different space groups and is obtained for this crystal form by the following symmetry operation: x, -y, -z

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要素

#1: タンパク質 Adsorption protein P2 / Receptor-binding protein PRD1-P2


分子量: 59828.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
属: Tectivirus / 遺伝子: II / プラスミド: pMG59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: P27378
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, macroseeding
pH: 4.6
詳細: 30% MPD, 0.1 M sodium acetate, 20 mM CaCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, MACROSEEDING, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 %MPD1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
320 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43 Å / Num. all: 35306 / Num. obs: 32726 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Num. unique all: 3550 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 61.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.7 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: Se-Met P2

解像度: 2.4→43.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1102 3.7 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.247 35384 --
obs0.224 29457 83.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4238 Å2 / ksol: 0.294665 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.23 Å20 Å20 Å2
2--36 Å20 Å2
3----10.76 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.39 Å / Luzzati sigma a free: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4199 0 13 230 4442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.532.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.057 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 56 1.6 %
Rwork0.388 3494 -
obs-3494 61.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACY.PARACY.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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