[日本語] English
万見
- PDB-1n71: Crystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase type Ii ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n71
タイトルCrystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase type Ii in complex with coenzyme A
要素aac(6')-Ii
キーワードTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / COENZYME A
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Aac(6')-Ii protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Burk, D.L. / Ghuman, N. / Wybenga-Groot, L.E. / Berghuis, A.M.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: X-ray structure of the AAC(6')-Ii antibiotic resistance enzyme at 1.8 A resolution; examination of oligomeric arrangements in GNAT superfamily members
著者: Burk, D.L. / Ghuman, N. / Wybenga-Groot, L.E. / Berghuis, A.M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of an aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase: defining the GCN5-related N-acetyltransferase superfamily fold
著者: Wybenga-Groot, L.E. / Draker, K. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2002年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The author states that there is an error in the sequence database.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: aac(6')-Ii
B: aac(6')-Ii
C: aac(6')-Ii
D: aac(6')-Ii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,61013
ポリマ－82,0604
非ポリマー3,5509
水9,080504
1
A: aac(6')-Ii
B: aac(6')-Ii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5654
ポリマ－41,0302
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
2
C: aac(6')-Ii
D: aac(6')-Ii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0459
ポリマ－41,0302
非ポリマー2,0157
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
3
C: aac(6')-Ii
D: aac(6')-Ii
ヘテロ分子

A: aac(6')-Ii
B: aac(6')-Ii
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,61013
ポリマ－82,0604
非ポリマー3,5509
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area14300 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area30850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.190, 76.920, 130.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Asymmetric unit contains two biological units (dimers)

-
要素

#1: タンパク質
aac(6')-Ii


分子量: 20514.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
プラスミド: pPLaac-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47764
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
21 Mammonium sulfate1drop
32 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.97 Å / Num. all: 64971 / Num. obs: 64971 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 100 Å / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67.6 % / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 4590 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1B87 with cofactor and water removed

1b87


解像度: 1.8→27.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 6300 10.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.208 ---
obs0.208 62541 90.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.5792 Å2 / ksol: 0.359296 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1 Å20 Å20 Å2
2---4.98 Å20 Å2
3----0.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.26 Å / Luzzati sigma a free: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5766 0 217 504 6487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 746 10.3 %
Rwork0.265 6515 -
obs--64.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2COA.PARCOA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る