+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n70 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Crystal Structure of Nitrite Reductase Mutant His287Ala from Rhodobacter Sphaeroides | ||||||
![]() | Copper-containing nitrite reductase precursor | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Nitrite reductase / mutant H287A / electron transfer / nitrite oxide | ||||||
機能・相同性 | ![]() denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, H. / Olesen, K. / Shapliegh, J. / Sjolin, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Nitrite Reductase Mutant His287Ala from Rhodobacter Sphaeroides to 1.6 Resolution 著者: Guo, H. / Olesen, K. / Shapliegh, J. / Sjolin, L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 63.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 362.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 364.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36331.090 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 41-374 / 変異: H287A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 2.4.3 / 遺伝子: NIRK / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, PEG 6000 or PEG 3350, MgCl2 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月20日 / 詳細: MARRESEARCH |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9836 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→13.25 Å / Num. all: 36303 / Num. obs: 36276 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 99.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80.651 Å2 / ksol: 0.37675 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.9 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.17 Å / Luzzati sigma a free: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→13.25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.6 Å / Total num. of bins used: 6 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|