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万見
- PDB-1n3r: Biosynthesis of pteridins. Reaction mechanism of GTP cyclohydrolase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n3r
タイトルBiosynthesis of pteridins. Reaction mechanism of GTP cyclohydrolase I
要素GTP cyclohydrolase I
キーワードHYDROLASE / Biosynthesis / folic acid / GTP cyclohydrolase I / tetrahydropterin / pteridines
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / queuosine biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / GTP binding / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding ...GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / queuosine biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / GTP binding / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I signature 2. / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 ...GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I signature 2. / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP cyclohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rebelo, J. / Auerbach, G. / Bader, G. / Bracher, A. / Nar, H. / Hoesl, C. / Schramek, N. / Kaiser, J. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
引用ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003
タイトル: Biosynthesis of Pteridines. Reaction Mechanism of GTP Cyclohydrolase I
著者: Rebelo, J. / Auerbach, G. / Bader, G. / Bracher, A. / Nar, H. / Hoesl, C. / Schramek, N. / Kaiser, J. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
履歴
登録2002年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTP cyclohydrolase I
B: GTP cyclohydrolase I
C: GTP cyclohydrolase I
D: GTP cyclohydrolase I
E: GTP cyclohydrolase I
F: GTP cyclohydrolase I
G: GTP cyclohydrolase I
H: GTP cyclohydrolase I
I: GTP cyclohydrolase I
J: GTP cyclohydrolase I
K: GTP cyclohydrolase I
L: GTP cyclohydrolase I
M: GTP cyclohydrolase I
N: GTP cyclohydrolase I
O: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,08330
ポリマ－370,23615
非ポリマー7,84815
水1,42379
1
A: GTP cyclohydrolase I
B: GTP cyclohydrolase I
C: GTP cyclohydrolase I
D: GTP cyclohydrolase I
E: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,02810
ポリマ－123,4125
非ポリマー2,6165
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area51210 Å2
手法PISA
2
F: GTP cyclohydrolase I
G: GTP cyclohydrolase I
H: GTP cyclohydrolase I
I: GTP cyclohydrolase I
J: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,02810
ポリマ－123,4125
非ポリマー2,6165
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16070 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area51930 Å2
手法PISA
3
K: GTP cyclohydrolase I
L: GTP cyclohydrolase I
M: GTP cyclohydrolase I
N: GTP cyclohydrolase I
O: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,02810
ポリマ－123,4125
非ポリマー2,6165
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area51880 Å2
手法PISA
4
A: GTP cyclohydrolase I
B: GTP cyclohydrolase I
C: GTP cyclohydrolase I
D: GTP cyclohydrolase I
E: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子

F: GTP cyclohydrolase I
G: GTP cyclohydrolase I
H: GTP cyclohydrolase I
I: GTP cyclohydrolase I
J: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,05620
ポリマ－246,82410
非ポリマー5,23210
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area60580 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area74740 Å2
手法PISA
5
K: GTP cyclohydrolase I
L: GTP cyclohydrolase I
M: GTP cyclohydrolase I
N: GTP cyclohydrolase I
O: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子

K: GTP cyclohydrolase I
L: GTP cyclohydrolase I
M: GTP cyclohydrolase I
N: GTP cyclohydrolase I
O: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,05620
ポリマ－246,82410
非ポリマー5,23210
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area60770 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area75180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.466, 313.258, 130.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
GTP cyclohydrolase I


分子量: 24682.381 Da / 分子数: 15 / 変異: H112S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pNC0 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6T5, GTP cyclohydrolase I
#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Peg 6000, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 2178312 / Num. obs: 105682 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.272 5284 RANDOM
Rwork0.218 --
all0.222 2178312 -
obs0.221 105682 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25912 0 480 79 26471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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